本条开具红字发票才能扣减销项税额的规定，包括几个含义：
（一）纳税人发生销售行为并开具了增值税专用发票后，如果需要扣减销项税额，其条件是必须正确开具红字专用发票，否则不能从销项税额中扣减增值税额。
（二）纳税人开具红字发票是有限制条件的，只有在规定的情况下才能开具，不能由纳税人任意开具。这些情形包括发生退款和开票有误，除此之外都是不允许开具的。
（三）开具红字专用发票必须按照国家税务总局的规定，遵循相关审批程序才能开具。具体开具办法主要是根据《国家税务总局关于修订（增值税专用发票使用规定）的通知》（国税发〔2006〕156号）和《国家税务总局关于修订增值税专用发票使用规定的补充通知》（国税发〔2007〕18号）。纳税人只有依照税务机关的相关政策规定开具红字专用发票，才能最大限度保护自己的利益。
第三十九条 纳税人提供应税服务，将价款和折扣额在同一张发票上分别注明的，以折扣后的价款为销售额；未在同一张发票上分别注明的，以价款为销售额，不得扣减折扣额。
本条款是引用原折扣额抵减应税销售额的规定，即折扣是否能冲减销售额关键在于是否在同一张发票上反映。
《中华人民共和国营业税暂行条例实施细则》中规定：纳税人发生应税行为，如果将价款与折扣额在同一张发票上注明的，以折扣后的价款为营业额；如果将折扣额另开发票的，不论其在财务上如何处理，均不得从营业额中扣除。
需要注意的是，试点纳税人采取折扣方式销售货物，虽在同一发票上注明了销售额和折扣额，却将折扣额填写在发票的备注栏，是否允许抵减销售额的问题。可以参考国税函[2010]56号文件规定，即《国家税务总局关于印发〈增值税若干具体问题的规定〉的通知》(国税发[1993]154号)第二条第（二）项规定：“纳税人采取折扣方式销售货物，如 果销售额和折扣额在同一张发票上分别注明的，可按折扣后的销售额征收增值税”。纳税人采取折扣方式销售货物，销售额和折扣额在同一张发票上分别注明是指销售额和折扣额在同一张发票上的“金额”栏分别注明的，可按折扣后的销售额征收增值税。未在同一张发票“金额”栏注明折扣额，而仅在发票的“备注”栏注明折扣额的，折扣额不得从销售额中减除。
第四十条 纳税人提供应税服务的价格明显偏低或者偏高且不具有合理商业目的的，或者发生本办法第十一条所列视同提供应税服务而无销售额的，主管税务机关有权按照下列顺序确定销售额：
