（三）这里需要注意的是，扣减进项税额的计算依据不是按该货物、应税服务或者应税服务的原来的进价，而是按发生上述行为的当期实际成本计算。实际成本是企业在取得各项财产时付出的采购成本、加工成本以及达到目前场所和状态所发生的其他成本，是相对于历史成本的一个概念。
如试点地区某运输企业2012年1月购入一辆车辆作为运输工具，车辆不含税价格为30万元，增值税专用发票上注明的增值税款为5.1万元，企业对增值税发票进行了认证抵扣。2013年12月，由于经营需要，运输企业将车辆作为接送员工上下班工具使用。车辆折旧期限为5年，采用直线法折旧。该运输企业需将原已抵扣的进项税额按照实际成本进行扣减，扣减的进项税额为5.1÷5×3＝3.06万元。
第二十八条 纳税人提供的适用一般计税方法计税的应税服务，因服务中止或者折让而退还给购买方的增值税额，应从当期的销项税额中扣减；发生服务中止、购进货物退出、折让而收回的增值税额，应从当期的进项税额中扣减。
本条是对纳税人扣减销项税额和进项税额的规定。这一条款体现了权利与义务对等的原则，从销售方的角度看，发生服务中止或折让时，计算征收增值税的销售额减少，因此可以扣减自己的销项税额，减少纳税义务。而从购买方的角度看，发生服务中止、购进货物退出或折让时对方应纳增值税减少，相应要扣减自己的进项税额。这样做，可以保证销货方按照扣减后的税额计税，购买方同样按照扣减后的进项税额申报抵扣，避免销售方减少了销项税额但购买方不减少进项税额的情况发生，保证国家税款能够足额征收。
第二十九条 有下列情形之一者，应当按照销售额和增值税税率计算应纳税额，不得抵扣进项税额，也不得使用增值税专用发票：
（一）一般纳税人会计核算不健全，或者不能够提供准确税务资料的；
（二）应当申请办理一般纳税人资格认定而未申请的。
为了加强对符合一般纳税人条件的纳税人的管理，防止他们利用一般纳税人和小规模纳税人的两种不同的征税办法达到少缴税的目的，实施办法制定了一项特殊的制度。对一般纳税人会计核算不健全，或者不能够提供准确税务资料的，对试点纳税人销售额超过小规模纳税人标准，未申请办理一般纳税人认定手续的，要按销售额依照增值税税率计算应纳税额，不得抵扣进项税额，也不得使用增值税专用发票。
这项措施是一项带有惩罚性质的政策，其目的在于防止纳税人利用一般纳税人和小规模纳税人两种不同的征税办法少缴税款。此外，本条第一款进一步明确了会计核算不健全的情况，只适用于一般纳税人。
