六、分支结构汇算清缴问题
2009年4月29日，国家税务总局下发了《关于跨地区经营汇总纳税企业所得税征收管理若干问题的通知》[国税函[2009]221号]，规定：
以总机构名义进行生产经营的非法人分支机构，无法提供有效证据证明其二级及二级以下分支机构身份的，应视同独立纳税人计算并就地缴纳企业所得税，不执行 《国家税务总局关于印发〈跨地区经营汇总纳税企业所得税征收管理暂行办法〉的通知》[国税发[2008]28号]的相关规定。
2010年1月26日，国家税务总局下发了《关于建筑企业所得税征管有关问题的通知》[国税函[2010]39号]，规定：
建筑企业跨地区设立的不符合二级分支机构条件的项目经理部[包括与项目经理部性质相同的工程指挥部、合同段等]，应汇总到总机构或二级分支机构统一计算， 按照国税发[2008]28号文件规定的办法计算缴纳企业所得税。
2008年3月10日，国家税务总局下发了《关于印发＜跨地区经营汇总纳税企业所得税征收管理暂行办法＞的通知》[国税发[2008]28号]。据此，企 业应按照“统一计算、分级管理、就地预缴、汇总清算、财政调库”的办法计算缴纳企业所得税。
2009年4月16日，国家税务总局下发了《关于印发〈企业所得税汇算清缴管理办法〉的通知》[国税发[2009]79号]。据此，实行跨地区经营汇总缴 纳企业所得税的纳税人，由统一计算应纳税所得额和应纳所得税额的总机构，按照上述规定，在汇算清缴期内向所在地主管税务机关办理企业所得税年度纳税申报， 进行汇算清缴。分支机构不进行汇算清缴，但应将分支机构的营业收支等情况在报总机构统一汇算清缴前报送分支机构所在地主管税务机关。总机构应将分支机构及 其所属机构的营业收支纳入总机构汇算清缴等情况报送各分支机构所在地主管税务机关。
七、核定征收企业汇算清缴注意事项
实行核定应税所得率征收方式[以下简称定率征收]的企业在进行年度纳税时应附报《核定应税所得率征收方式企业年度收入总额申报表》。
定率征收企业实际主营项目所属行业适用的应税所得率与税务机关核定的应税所得率不同时，应按有关规定在汇算清缴申报前向主管税务机关提出调整申请，调整当 年应税所得率后再进行年度申报。
定率征收企业的利息收入应计入企业的收入总额，按照《国家税务总局关于印发＜企业所得税核定征收办法＞[试行]的通知》[国税发[2008]30号]、 《国家税务总局关于企业所得税核定征收若干问题的通知》[国税函[2009]377号]和其他相关规定计征企业所得税。
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