第一，要完善挂靠经营的方式、明确法律责任。合作前，各方必须将对方的经营环境、负债情况、经济纠纷进行全面了解、分析评价。被挂靠企业对挂靠企业的技术力量、资金实力、管理水平要进行考察评定。挂靠企业要对被挂靠企业的经营状况，资质水平、经济实力进行调查分析，在相互了解，充分信任，责任明确的基础上方可进行合作。
第二，要加强财务管理，规范内部监管、控制措施。
被挂靠企业对挂靠企业在施工过程中的管理，应视同自己的分公司一样，对施工过程的各个环节进行全程监控，从施工组织、材料购进、款项使用、安全措施、工资发放、事故处理等具体环节入手，让监管不留死角，不让挂靠人有任何可乘之机，以消除挂靠可能带来的风险隐患。尤其挂靠企业对外签订合同、向外举债等重大事项，都必须经被挂靠企业审核同意后方可进行，并将相关资料存档备查。特别对资金的进出和流向，更要严格把关、控制，尤其是举债资金必须要按照规定的用途和进度监督使用，防止资金的挪用和抽逃，把财务风险降到最低。
第三，要统一会计记账标准，规范会计核算，防范税务风险。对挂靠工程的收支情况，应纳入企业财务统一核算。由被挂靠企业设立总账，挂靠企业设立二级明细账，按总账编制会计报表，统一向税务机关申报纳税，不能以合并会计报表的形式向税务机关申报纳税。对挂靠企业组织施工的工程，应定期进行财务清查。
第四，被挂靠企业最好还应委派懂施工技术、懂材料采购、懂财务流程的专业人员进驻施工现场，对项目施工情况等适时进行贴身监管。这当然应以不影响正常的施工作业和日常经营管理为限。
5.在工程施工中，由于一切活动都是以被挂靠单位名义进行，因此被挂靠单位在收取一定比例的管理费情况下，应派员驻场监督工程实施，形成有效的不损害双方利益的工程进度局面。
挂靠方在所有的该工程项目的采购活动中，应以被挂靠方名义取得合法有效票据。将成本票据（含该项目工程管理费）的结算单交付被挂靠单位时，凭签字认可的票据结算单处理。
挂靠方以被挂靠方的完税发票复印件作为本单位的帐务处理附件。提取的管理费是以工程总额作为的提取基数，不是以项目利润为基础。
四、“甲供材”的营业税和企业所得税风险控制
（一）“甲供材”的营业税风险分析
“甲供材”的营业税风险体现在施工方没有就甲方提供给其进行施工的材料所含的价格没有并入营业额申报缴纳营业税。由于“甲供材”中的建筑材料是建设方或甲方购买的，建筑材料供应商肯定把材料发票开给了甲方，甲方然后把购买的建筑材料提供给施工企业用于工程施工，在实践中，大部分施工企业就“甲供材”部分没有向甲方开具建安发票而漏了营业税。
