企业发生的利息支出（包括向金融企业、非金融企业和自然人的借款利息支出）由于各种原因未能及时取得有效凭证的，企业在预缴所得税时，可暂按账面发生金额进行核算；但在汇算清缴时，应补充提供有效凭证方可从税前扣除，未提供有效凭证的不得从税前扣除。
对于汇算清缴后取得利息支出税前扣除有效凭证的，如利息支出的发生年度在2011年（含）以后，应按照《国家税务总局关于企业所得税应纳税所得额若干税务处理问题的公告》（国家税务总局公告2012年第15号）第六条的规定和相关操作流程进行税务处理。即：将利息支出追补扣除在利息发生年度，因此形成的多缴税款予以退税。企业在追补扣除时，应向主管税务机关做出专项申报及说明；如利息支出的发生年度在2011年（不含）以前的，仍可以将利息支出追补扣除在利息发生年度，但按《征管法》的规定追补期限不得超过三年。
（三）雇主为雇员负担个人所得税款的税务处理问题
按照《国家税务总局关于雇主为雇员承担全年一次性奖金部分税款有关个人所得税计算方法问题的公告》（国家税务总局公告2011年第28号）第四条的规定，雇主为雇员负担的个人所得税款，应属于个人工资薪金的一部分，按照工资薪金支出的扣除标准进行税务处理。凡单独作为企业管理费列支的，在计算企业所得税时不得税前扣除。
（四）企业对固定资产的折旧年限未低于税法规定最短折旧年限的税务处理问题
例如：某企业对某项机器设备按照12年计提折旧，《实施条例》规定机器设备的最短折旧年限不得低于10年。
按照15号公告第八条的规定，“对企业依据财务会计制度规定，并实际在财务会计处理上已确认的支出，凡没有超过《企业所得税法》和有关税收法规规定的税前扣除范围和标准的，可按企业实际会计处理确认的支出，在企业所得税前扣除，计算其应纳税所得额。”企业对机器设备确定的折旧年限为12年未低于《实施条例》规定的10年，符合《实施条例》对折旧年限的规定，应按照12年计算折旧在税前扣除。
（五）以公允模式计量投资性房地产的折旧扣除问题
企业以公允模式计量的投资性房地产，在会计处理中不计提折旧，未确认折旧年限，与《实施条例》规定的固定资产或无形资产的扣除条件不相符，因此不得计算折旧从税前扣除。
（六）资产损失政策执行口径问题
1、按照国家税务总局公告2011年第25号（以下简称25号公告）第二十四条的规定，“企业逾期一年以上，单笔数额不超过五万或者不超过企业年度收入总额万分之一的应收款项，会计上已经作为损失处理的，可以作为坏账损失，但应说明情况，并出具专项报告。”其中“企业年度收入总额”指的是确认损失当年的收入总额。
