（3）转让享受退税的国产设备应补缴的增值税不能用进项税额留抵进行抵补
根据《国家税务总局关于增值税一般纳税人用进项留抵税额抵减增值税欠税问题的通知》（国税发[2004]112号）文件的规定：对纳税人因销项税额小于进 项税额而产生期末留抵税额的，应以期末留抵税额抵减增值税欠税。
根据国税发[2004]112号文规定，留抵税额只能用于抵减增值税欠税而没有文件明确规定说可以用留抵税额冲减补缴的国产设备退税额，因此外商投资企业 应将补缴的国产设备退税额直接交纳而不能用进项税额留抵进行抵补。
4、再投资退税不满五年撤出时应补缴已退的税款
依照原外商投资企业所得税法的规定，外商投资企业用税后利润在投资退税时，若投资不满五年撤出时应当缴回已退的税款，国税函[2010]69号文明确外商 投资企业因国家发展规划调整(包括城市建设规划等)被实施关停导致投资不满五年时，仍应当补缴再投资已退的税款。
《关于外商投资企业和外国企业原有若干税收优惠政策取消后有关事项处理的通知》（国税发[2008]23号文）规定，可以享受再投资退税的外商投资企业， 必须在2007年底以前完成再投资事项，并在国家工商管理部门完成变更或注册登记的，对在2007年底以前用2007年度预分配利润进行再投资的，不给予 退税。
因此若外商投资企业当时因不符合政策规定未享受再投资退税的，其再投资不满5年撤出时不需补缴税款。
