(1)增值税即征即退的政策空间
是否可以充分发挥软件产品增值税即征即征的功能。如甲企业与乙企业是关联方，甲企业开发的软件产品销售给乙企业，乙企业再作为设备中的集成软件对外销售。设2013年度甲企业的销售额是5000万元，开具增值税专用发票给乙方，若假设进项税额为0，此时应纳增值税税额是850万元，乙企业按850万元进行抵扣，甲企业超税负3%即征即退办理退税计入营业外收入700万元。这700万元是国家财政白给的。那如果甲企业与乙企业不是关联方关系，此时甲企业仍取得700万元，但抵扣是由别人进行的，差异在于相应的价格空间可能不方便充分发挥。
如上述企业“充分筹划”后，认为我这个软件可以定价为8000万元，提高的3000万元，14%对应的部分是420万元，从国家财政白得，对方抵扣的利益又可以少缴这么多的增值税，目前来看，从公允性的角度，如何来对软件进行识别，而不是仅盯着企业所得税的反避税，也是必须要考虑的。
(2)企业所得税不征税收入及研发费用归集的冲减的问题
根据财税[2008]1号文件，企业取得的软件产品增值税即征即退税款作为不征税收入对待，《企业所得税法实施条例》第二十八条规定，企业的不征税收入用于支出所形成的费用或者财产，不得扣除或者计算对应的折旧、摊销扣除。因此，企业将即征即退的税款用于扩大生产而购进设备，所计提的折旧不能在税前扣除，同时企业享受软件产品增值税即征即退政策所退还的税款，作为不征税收入的，用于软件产品的研发，不能享受加计扣除政策。但这里企业如果“故意”核算不清楚，是否可以否定不征税收入而作为应税收入之后，从而可以享受加计扣除的利益，存在地区间的差异理解。
企业还需加强对确认为不征税收入的监控管理，特别是对作不征税收入处理后，在5年（60个月）内未发生支出且未缴回财政部门或其他拨付资金的政府部门的部分，做好相应台帐的登记工作，做到后续监管，并对未使用部分计入取得该资金第六年的应税收入总额。
(3)财税[2011]100号中营改增对于条款的影响
《通知》第一条第（三）款中，纳税人受托开发软件产品，著作权属于受托方的征收增值税，著作权属于委托方或属于双方共同拥有的不征收增值税；对经过国家版权局注册登记，纳税人在销售时一并转让著作权、所有权的，不征收增值税。根据财税[2013]106号文中应税服务范围注释中，文化创意服务中包括商标和著作权转让服务，是指转让商标、商誉和著作权的业务活动。可见，著作权转让服务已经纳入了营改增的范围，应缴纳增值税。故《通知》中上述条款已经名存实亡了。
(4)软件增值税即征即退与提供技术开发服务享受增值税免税优惠的差异
根据财税[2013]106号文中，关于营业税改征增值税试点过渡政策的规定，试点纳税人提供技术转让、技术开发和与之相关的技术咨询、技术服务，免征增值税。
结合上述分析，首先卖软件是增值税的即征即退，软件的所有权著作权仍属软件公司，但如果软件公司提供的是定制的技术开发服务，人家就直接走营改增的技术开发免税了，这时可能产生一个矛盾就是，如果采购方要抵扣，因此逼着供应商不办理免税程序，直接按应税开具增值税专用发票处理。
(5)企业开发使用软件的研发加计的问题
这个存在争议或者是理解的差异，举例说企业购入的人家保留所有权的软件，如微软的OFFICE，能否享受研究开发的加计扣除，即使在高新的八大领域之内，也无法享受，因为这是人家的东西，人家销售的是产品，并不是购买者的东西，根本没有购买者的研发一说，有研发的前提是这个东西是委托开发的(共有所有权或单独有所有权)。
延续，如果这个软件是委托开发的，可能有二个用途，一是用于销售或服务，二是自用，自用的是否能够列入研究开发费用加计扣除，政策不清晰，其间的风险，还要结合领域与所有权(著作权)进行判断考虑。
