跟踪资金流向时，必须把资金使用事项同资金流具体地结合起来进行分析。一是从资金使用事项的内涵与背景来分析，判断资金流是否正常；二是套取资金时，一般应将资金从正常渠道分流出来，使之在形式上消失，再另行使用；三是从不正常的资金流中反查资金使用事项与背景，追踪资金流向的终端，从而发现问题。
查询银行账号是跟踪资金流向最有效、最普遍采用的方法。建设项目一般投资额大，涉及的单位多，资金流向比较广，审计要每笔资金都查询银行账号没必要，也力所难及。在实践中，这就需要工程审计与财务审计相互结合，通过延伸审计，发现工程结算方面问题多、资金流向异常，以确定对哪些单位银行账号进行查询。
三、成本分析是我们必用的方法。
在具体的审计实践中，我们主要从以下四个方面进行对比分析。
一是与概算对比分析：对已完工项目将工程价款结算相关数据与批准的设计概算进行对比分析。主要是对比二者的价差和量差，检查概算执行情况，核实概算编制的准确性与完整性及建设项目结余资金的真实性。对超概算比较严重的单项工程，要予以重点关注，分析查找超概算的原因。
二是将施工单位项目部的直接成本（指扣除上交公司管理费后）和利润这两个指标与行业平均指标进行对比分析，若存在成本过高或超额利润，就要关注工程是否存在偷工减料、高估冒算、虚假成本套取资金及工程质量等方面的问题。
三是将材料耗用量与工程用量进行比较， 分多个层次进行工料对比分析。
首先将合同工程量工料分析结果与财务统计量进行对比分析，如合同工程量工料分析量大于（指偏差较大已偏离正常范围）财务统计量可初步判断合同工程量偏大，下一步对工程量要重点核实；反之则要重点关注工程变更。
其次将送审结算工程量工料分析结果与财务反应工程量进行对比、分析，据此确定下一步工作重点，如工料分析量大于财务反应工程量可初步判定工程量有虚报冒领或偷工减料等问题，反之则可初步判定有虚列成本现象，此时重点要放在有无利用假发票虚列成本转移资金上。
最后要根据施工、竣工图纸并结合现场实测核实工程量，在此基础上再进行工料分析，如工料分析量大于财务统计量，首先要对工程量计算进行复核，审查有无漏算和未关注到的地方，再要关注有无偷工减料现象。反之则要与财务一起对发票一一核实弄清其真假，并紧抓资金走向看资金有无回流或流向个人现象，建、施双方有无通过工程结算套取资金等，对资金流向一定要查到底，弄清其最终目的。
