2、股权收购和资产收购重组。《办法》规定了股权和资产收购重组要提供的资料。股权和资产收购重组，一些情况是非常相似的，尤其是股权投资作为企业实质性经营资产后，重组业务是属于股权收购，还是资产收购重组，经常难以区别。一般情况下，企业转让资产时，包括股权投资的资产一同转让，只要达到规定资产转让比例，而不论其中的股权是否占股权投资企业的75％，该转让可以适用资产收购重组。因此，股权和资产收购重组，应着重说明比例情况及对价支付情况。
3、企业合并和分立。企业合并、分立适用特殊税务处理，一般要符合《公司法》的要求，即合并或分立企业原股东保留不变，各项债权、债务由合并或分立后的企业承继，各项资产按照原账面价值确定等。所以，《办法》中要求提供的相关资料，基本上是围绕上述要求的。
（三）合并、分立的税收优惠承继
《通知》第九条就企业合并或分立后存续企业的税收优惠政策承继问题进行了明确。但在执行过程中，各地理解不一。考虑到企业合并或分立，各项债务和债权延续进行，相应的税务事项也延续进行，所以，涉及到税收优惠的，也应延续进行。
（四）分步交易原则
《通知》第十条规定，企业在重组发生前后连续12个月内分步对其资产、股权进行交易，应将上述交易作为一项企业重组交易进行处理。《办法》按照此原则进一步明确了具体操作。考虑到分步交易涉及不同的税务处理，如果单独适用《通知》规定，将会给征纳双方增加税收成本，影响最终对整个重组的判断。因此，《办法》就分步重组采取灵活处理，允许企业对整个交易重组进行预计，符合特殊性税务处理条件的，经税务机关审核，可暂适用特殊性税务处理，第二年进行下一步交易后进行备案；如果第一步交易完成后不能预计整个交易是否符合特殊性税务处理，应适用一般性税务处理；在下一纳税年度全部交易完成后，适用特殊性税务处理的，可以调整上一年度纳税申报并退抵多缴税款。
（五）加强后续管理
为加强对特殊性重组业务的后续管理，《办法》第三章明确了当事各方的主管税务机关的责任，规定了各地税务机关协作配合机制，保证了企业重组适用税收政策的适当性和准确性。
五、跨境重组税收管理
《办法》第四章就《通知》第七条规定的跨境重组相关税收管理问题作出了规定，跨境重组适用特殊性税务处理规定的，应按照《办法》第三章相关规定执行。
对《通知》第七条第（一）、（二）项规定的重组，适用特殊性税务处理的，由于非居民企业股权转让的管理已有政策规定，因此，按照《国家税务总局关于印发（非居民企业所得税源泉扣缴管理暂行办法>的通知》（国税发[2009]3号）和《国家税务总局关于加强非居民企业股权转让所得企业所得税管理的通知》（国税函[2009]698号）的规定执行即可。
对《通知》第七条第（三）项规定的重组，适用特殊性税务处理的，由于涉及居民企业，因此，《办法》规定了居民企业应向其所在地主管税务机关报送的具体备案资料，与股权收购、资产收购适用特殊性税务处理应报送的备案资料相同。
