特殊税务处理一些概念的定义。企业重组主导方的确定。重组业务可能涉及当事多方，明确重组主导方有利于重组各方履行申报确认，同时，也有利于税务机关加强对重组业务的监管。因此，《办法》就各类企业重组，明确了重组主导方。
企业重组具有合理商业目的的说明。企业重组适用特殊性税务处理的首要条件是具有合理的商业目的，这是依据税收中性原则和反避税原则提出的对特殊重组的要求。但《通知》中所提出的合理商业目的没有具体内容，各方理解不一，常有异议，存在较大税务风险。因此，《办法》从六个方面说明企业重组具有合理的商业目的，包括重组活动的交易方式、交易形式及实质、重组活动给交易各方税务状况带来的可能变化、重组各方从交易中获得的财务状况变化、重组活动是否给交易各方带来了在市场原则下不会产生的异常经济利益或潜在义务以及非居民企业参与重组活动的情况。这些规定，既方便企业准备相关资料，又为基层税务机关审核提供了依据。
原主要股东的定义。《办法》对《通知》第五条第（五）项规定中“原主要般东”，界定为原持有转让企业或被收购企业20％以上股权的股东。在特殊性税务处理中，此条件主要是为了约束持股20％以上的重大影响人，既然是以合理的商业目的进行重组，那么，在重组后连续12个月内，就不应转让所取得的股权。
同一控制的界定。《办法》借鉴《企业会计准则第20号——企业合并》及其指南中的定义，对同一控制进行了解释。对“同一控制”定义为参与合并的企业在合并前后均受同一方或相同的多方最终控制，且该控制并非暂时性的。同时要求，在企业合并前，参与合并各方受最终控制方的控制在12个月以上，企业合并后所形成的主体在最终控制方的控制时间也应达到连续12个月。这种解释，有利于集团公司内部重组，合理配置资源。同时，也有利于对相同多方的投资者开展整合资源，发挥投资群体资源的优势。
（二）具体管理规程
《办法》规定，企业适用特殊税务处理的重组，应根据不同的重组类型提供相关资料。
1、债务重组。债务重组导致其所得额占当年企业应纳税所得额50％以上，其申请递延五年纳税的，应就债务重组商业目的做出说明。正常情况下，债权人是不会放弃债权或者有条件放弃，大部分情况下是股东或关联企业放弃债权。因此，债务重组要着重说明债务重组的商业目的。
发生债转股重组，考虑到其债务转换为股权，且不确认所得或损失，当事人应重点提供债转股中股权作价的公允价格。如果是上市公司，其证券市场的交易价格就是公允价格；如果为非上市的公司，必须提供股权作价的合法证明。
