1.定义不同
（1）手续费
“手续”一词的解释为：办事的程序“手续费”，就是为代理他人办理有关事项，所收取的一种劳务补偿；或对委托人来讲，是属于因他人代为办理有关事项，而支付的相应报酬。如：证券交易手续费、代办机票手续费、代扣代缴费用手续费、国债代办手续费等等。从纳税角度来讲，经营者收取的各种代办手续费应作为应税收入，缴纳营业税；扣除相关费用后的所得额，还须缴纳企业所得税。另外有一种情况，就是为税务部门实施代扣代缴税金业务，如企业取得的代扣代缴手续费，属于应税收入，需要缴纳企业所得税；如分给经办人员，则无须缴纳个人所得税。
手续费的概念没有固定或者完整的表述，不同的行业有不同的概述、不同的标准、不同的收取范围。如保险业手续费是指每张保险单平均承担的保险公司营业费用、佣金以及保险公司对该保单所承担的保险责任所收取的三项费用之和。证券交易手续费，是指投资者在做不同证券产品交易时所需缴纳的费用。《国家税务总局关于保险企业所得税若干问题的通知》（国税发[1999]169号）中规定，代理手续费是指企业向受其委托，并在其授权范围内代为办理保险业务的保险代理人支付的费用。
（2）佣金
佣金是商业活动中的一种劳务报酬，是具有独立地位和经营资格的中间人在商业活动中为他人提供服务所得到的报酬。佣金具有如下法律特征：一是佣金是商业活动中中间人所得的劳务报酬；二是经营者给予佣金必须以明示的方式，给予和接受佣金的，都必须如实入账。
不同行业的佣金有不同的具体表述，收取范围也不尽相同。如证券佣金是指投资者在委托买卖证券成交之后按成交金额的一定比例支付给券商的费用。此项费用一般由券商的经纪佣金、证券交易所交易经手费及管理机构的监管费等构成。《国家税务总局关于保险企业所得税若干问题的通知》（国税发[1999]169号）指出，佣金是指公司向专门推销寿险业务的个人代理人支付的费用。
（3）销售回扣
是指经营者销售商品时以现金、实物或者其他方式退给对方单位或者个人的一定比例的商品价款。
2.法律性质不同
佣金是指经营者在市场交易中给予为其提供服务的具有合法经营者资格的中间人的劳务报酬，可以一方支付，也可以是双方支付，接受佣金的只能是中间人，而不是交易双方，也不是交易双方的代理人、经办人。而销售回扣是交易一方给予另一方一定比例的价款，这是佣金和回扣的重要区别。
3.税前扣除的条件不同
根据《财政部、国家税务总局关于企业手续费及佣金支出税前扣除政策的通知》（财税〔2009〕29号）通知的精神，一般企业实际发生的手续费及佣金的税前扣除，必须满足以下条件：一是企业实际发生的；二是与企业的生产经营相关的；三是需要签订书面合同或协议；四是签订合同或协议的单位或个人应该具有“中介服务”的经营范围以及中介服务资格证书；五是签订合同或协议的单位或个人，不包括交易双方及其雇员、代理人和代表人等；六是支付的手续费及佣金数额，不得超过所签订服务协议或合同确认的收入金额的5%（不含房开企业及保险公司）；七是支付手续费及佣金的形式，除委托个人代理外，不得以现金等非转账方式支付。
