要搞清楚子公司与分公司的关系，首先要搞清楚母子公司的关系和总分公司的关系。
一、母子公司的主要关系
子公司是具有独立法人资格的企业，承担独立的法律责任，在对外法律关系上属于相互独立的。母子公司之间存在的只是控制与被控制、参与与被参与的股份经济利益关系，有可能是全额控股关系，也可能是母公司占据子公司一定比例的股份关系。对于符合条件的母子公司之间（主要看是否有控制关系），母公司可以合并报表，对外公布合并后的经营业绩，用于反映母公司的整体经营状态。对于上市公司来说，这种反映成果可以直接影响公司的股票市价。当然，我国的股市有特殊的地方，可以与市值相脱节，各干各的事。由此可见，母子公司之间在财务上是完全实行独立核算的，企业所得税属于相互独立的所得税纳税人，分别申报纳税。在所得税上容易引起税务机关关注的是相互之间的关联交易关系，要求视同独立纳税人之间的交易作为定价等原则，不得利用税收差异，从事计税所得的转移，达到少缴税收的目的。
因此，子公司在企业所得税上是属于独立的纳税人。
二、总分公司的主要关系
总公司的法人企业，可以下设多个分公司。分公司是从属于总公司而存在的。也就是说，没有总公司就没有分公司。但母子公司虽然在字眼上看更象生养关系，但实际上反而不是。子公司可以没有母公司而独立存在，只是失去了母子的经济关联关系（我看，倒是更像联姻关系）。
在正常情况下，分公司的所得税是由总公司统一核算、就地预缴、汇总清算缴纳的。具体来说，总公司对汇总后计算的所得税在总分公司之间按照五五比例进行分摊预缴。分公司之间对50％部分在各分公司之间按照确定的分配方式进行分摊，并各自就地预缴。
各分公司所在地税务机关原则上不首先接受分公司进行所得税独立申报，而是要求按照总公司所得税分配表进行就地预缴。但只有分公司不能提供总公司所得税分配表、也无法提供“税总2012年57号公告”第二十三条规定的相关证据证明其二级及以下分支机构身份的情况下，则按照独立所得税纳税人进行管理。
因此，分公司在企业所得税上原则上实行就地按照总公司所得税分配表就地预缴，由总公司再汇总清算缴纳。
结论：子公司与分公司在企业所得税上的主要区别是：子公司属于独立纳税人，就地进行申报缴纳所得税；分公司在所得税上不属于独立纳税人，原则上根据总公司的所得税分配进行就地预缴，特殊情况下才参照独立纳税人就地申报缴纳。
