行政机关作出的税务处理决定书未被撤销，仍属有效
从理论上来说，行政行为应具有公定力，也就是说行政行为一经作出，即使有某种瑕疵，在未经法定国家机关按法定程序认定及宣告前，原则上应被认为是合法、有效的推定。虽然在刑事诉讼中本案以D公司无罪告终，但从税务征管程序层面来看，D公司未在法定期限内就A省国税局2006年作出的《税务处理决定书》申请行政复议或提起行政诉讼，也未在法定期限内履行相应义务。
根据《行政复议法》第九条第二款规定，因不可抗力或者其他正当理由耽误法定行政复议申请期限的，申请期限自障碍消除之日起继续计算。本案中，《税务处理决定书》送达时，D公司法定代表人已被控制，其申请行政复议的权利受限。但法律并未明确这种情况是否构成耽误法定行政复议申请期限的正当理由，D公司也未提出延期的申请。同时，法律也未明确规定，涉税案件刑事判决结果应对基于同一事实作出的具体行政行为产生何种影响。因此，这份税务处理决定书并未因D公司刑事判决无罪的结果而被撤销，加上D公司未在法定期限内申请行政复议或提起行政诉讼，该处理决定书程序上仍属有效的行政决定，税务机关有依法强制执行的权力。
刑事证据与行政执法证据的证明标准存在差异
税务行政执法属于行政权运作的范畴，目的在于实现国家机关的社会管理职能，因而在注重合法性及合理性的同时对行政效率有所侧重。刑事司法则属于司法权的运作，目的是打击和控制犯罪，更注重司法公正的实现。前者针对的是违反行政管理法规的行为，侧重对行为作出形式评价。后者针对的是刑事犯罪行为，注重对行为的实质危害性的评价。据此，两类案件在证明对象、证明标准和证据收集程序上都有较大差别。
刑事责任是法律责任中最为严厉的一种，行政责任在强度上与其存有显著差异。行政责任主要是对违法行为人进行财产性处罚，一般不包括限制行为人人身自由的权限。而刑事责任通常会涉及自由刑甚至生命刑的适用。因此，相对于行政执法证据，刑事证据具有更高的证明要求和证明标准。
现实中，行政执法机关取证手段单一，查证力度有限，对案件的查证难度较大。具体到税务行政执法中，受执法权限有限等因素影响，税务行政执法证据的证明要求也低于刑事证据。
正是由于刑事司法证据一般具有高于行政执法的证据标准，相对严格的取证、质证、认证程序和证据规则，在多数案件中可以将其作为行政执法和行政处罚的依据。然而在实践中，对某一行为由行政处理转为刑事处理，却不一定等同于该行为最终定会被作为犯罪论处。因为在罪刑法定原则要求下，证据可能达不到刑事诉讼证明标准，或无法满足某些规则而不被采信，抑或是因行政刑事衔接过程出现问题，证据未能成功转化。因此，在一起涉税案件因证据未达到刑事诉讼证明标准而被判为未构成偷税罪的情况下，不能反推认为此前税务机关依据同一事实作出的税务处理决定同样缺乏事实依据。
