提升管理能力。“营改增”不但事关政策制度变革，更为重要的是财政、税务和企业等涉税部门的有效税务管理面临挑战。一是业务转换挑战。实行“营改增”后，部分征收营业税的服务业纳入增值税征收管理，由于增值税与营业税无论是在征收管理模式上，还是在征收管理方式上都存在较大差异，需要作出相应调整。从征收管理上看，由于增值税计算采取发票抵扣法，使营业税下单一销项管理转为增值税下销项和进项双重管理，征收管理难度大幅度提高，工作量大幅度增加，征管成本上升。二是机构转换挑战。主要是“营改增”后，服务业增值税也改由国税局管理，一方面转换过程中由于户管交接变化带来征管工作量大幅增加，另一方面征收管理机构转换也使国税局业务量大幅度增加，而地税局工作量大幅度减少，出现人员配置和征管任务不相匹配的矛盾。应对挑战需要提升管理能力，积极防控可能出现的风险。
推进机构改革。我国现行服务业由营业税改征增值税后，已由地税局负责征收管理改为由国税局负责征收和管理。其优点是有利于增值税在征收和管理上的统一性，减少因一个税种由国税局和地税局两个税务机构征管，而引发的征收和管理上的摩擦，达到降低征收和管理成本，提高征收和管理效率的目的。但缺点是除了在征收管理上失去连续性以外，对地税局机构设置带来较大冲击。因为，营业税不但是地方税收入体系中的最大税种，也是地方税务机关负责征收的最大税种。失去对营业税的征收和管理，地方税务局的职能和存在理由也将会受到质疑，从而影响税务机构在设置上的重大改革。全面实行“营改增”后，随着地税系统业务面临萎缩，地方税务机构出路也成为新的关注焦点。在简政放权、规范政府与市场职能，减轻民负、搞活市场经济的背景下，税务机构的调整也将会提上议事日程。
