国家税务总局公告2012年第18号规定，对于股权激励，在税收处理上，上市公司等待期内会计上计算确认的相关成本费用，在当期不能在计算企业所得税应纳税所得额时进行扣除。实施股权激励的企业，只有在股权激励计划可行权后，按照该股票实际行权时的公允价格(一般是实际行权日该股票收盘价)与当年激励对象实际行权支付价格的差额及数量，计算确定作为当年上市公司工资、薪金支出，依照税法规定进行税前扣除。
无论是在股权激励成本费用金额的确认上，还是在扣除时点的确定上，会计准则和税法都存在明显的差异，由此导致企业需要根据《企业会计准则第18号——所得税》规定的原则进行所得税会计处理。
对于股权激励的所得税会计处理问题，国际财务报告准则2号——股份支付(IFRS2 share-based payment)规定，股份支付在一个会计期间的财务报表中是确认为费用，但在后面的某个会计期间内进行税前扣除，如果后续扣除时企业有足够的应税利润，则应该确认这个可抵扣时间性差异，从而确认递延所得税资产。递延所得税资产的确认是基于税务机关对于股权激励在未来可以税前扣除的金额。因此，递延所得税资产的确认要基于对未来股份支付可税前扣除的估计。如果股票价格的变动影响未来税前可扣除金额，则对未来可以税前扣除金额的估计就基于目前的股票价格。但是，当确认的可税前扣除的金额超过财务报表确认的费用时，超过部分要直接进入权益。
财政部在《企业会计准则讲解(2010)》中介绍得比较简略。对于“与股份支付相关的当期及递延所得税”的问题，《企业会计准则讲解(2010)》规定，与股份支付相关的支出，在按照会计准则规定确认为成本时，其相关的所得税影响应区别于税法的规定进行处理。如果税法规定与股份支付相关的支出不允许税前扣除，则不形成暂时性差异;如果税法规定与股份支付相关的支出允许税前扣除，按照会计准则规定，确认成本费用的期间，企业应当根据会计期末取得的信息，估计可税前扣除的金额计算确定其计税基础及由此产生的暂时性差异，符合确认条件的情况下，应当确认相关的递延所得税。其中，预计未来期间可税前扣除的金额，超过按照会计准则规定确认的与股份支付相关的成本费用，超过部分的所得税影响，应直接计入所有者权益。
《企业会计准则讲解(2010)》在国家税务总局公告2012年第18号之前出版，当时对于股权激励的企业所得税处理还不明确。国家税务总局公告2012年第18号出台后，税法上允许企业扣除与股份支付相关的成本费用。因此，在所得税会计上，企业应按规定进行递延所得税的处理。但是，《企业会计准则讲解(2010)》规定得比较原则，其中企业如何根据会计期末取得的信息，估计可税前扣除的金额，计算确定其计税基础及由此产生的暂时性差异是问题的核心。
