纳税评估，指税务机关运用数据信息对比分析的方法，对纳税人和扣缴义务人纳税申报（包括减免缓抵退税申请）情况的真实性和准确性作出定性和定量的判断，并采取进一步征管措施的管理行为。如果主管税务机关不接受纳税人对纳税质询的解释或发现新的疑点，就会采取约谈乃至调查核实、处理处罚甚至移交稽查部门查处的步骤。因此，纳税人做好纳税评估每一步的解释说明工作都是同等重要的，且工作越前移效果就越好。
A公司是一家外商投资企业，成立于2006年，经营外包软件开发服务，业务订单基本来源于外方投资者，至2011年公司连续亏损。2012年上半年，主管税务机关对A公司进行纳税评估，要求其回复是否存在销售未计收入、多列成本费用、扩大税前扣除范围的情况，并说明连续亏损多年的原因。
就上例而言，问题的实质是由于A公司多年连续亏损，主管税务机关对其产生了上述疑点。因此，企业应对的关键是让主管税务机关相信公司连续多年亏损是客观原因所致，属于正常现象。因此，应分两个步骤分析说明问题：
第一步，从“利润＝收入-成本”的公式所涉及的因素，结合公司情况逐步寻找导致亏损的理由；
第二步，从公司的会计资料（包括凭证、账本、报表及其他会计资料）中寻找能支持理由的证据。收入又有量和单价两个因素的影响，由于上例中软件开发服务收入不存在单价问题，可以用毛利率来分析，而成本的影响则应从成本的项目分析。
A公司2006年成立，从机构搭建到队伍建设、建章立制等都需要一个实施与磨合过程，经营业绩不可能一下子就达到期望的理想状态。2008年，公司业务刚有所进步时，遭遇席卷全球的金融海啸，完全依赖国际市场的A公司，不仅承接外包软件开发的订单陡然下降，且原来的盈利计划也化为泡影。A公司的财务报表反映，2008年—2010年每年营业收入增幅都不大，一方面是因为创业初期业务开展有难度，另一方面受金融海啸冲击，2009年和2010年的实际业务确有所下降。
承接软件外包服务类似于“三来一补”行业。这种贸易形式下，企业一无品牌二无市场，其最大特点是毛利率低及在市场竞争中没有主动权，完全受制于人。相对于一般的“三来一补”，软件外包行业的毛利率稍微高些，但与行业的普遍水平相比还是相差很大，一般也就是维持在微利或小有盈利的水平，在开业初期出现亏损甚至连续多年亏损都是正常的。如果价格不具备相当优势，就更难取得令人满意的盈利水平。这一点，在企业的财务报表上也得到了印证：A公司这几年平均毛利率只有25%，情况最好的2011年也只是34%，但同时期具有自主知识产权和自我市场开发能力的软件开发服务行业的平均毛利率高达50%，两者相差一倍。
另外，软件行业还有一个特别明显的特点，就是人工成本很高，且相对比较固定，不可能随业务增减而同步增减。软件开发人员尤其是从事核心软件开发的人员薪酬要求较高。相对于其他行业，软件开发更需要一个稳定的员工队伍，因此，从事软件开发的公司即便在业务量不大时也要保持适当的人才队伍，他们的薪酬、福利等开支就成为公司固定成本，且是成本构成中的主要部分。而从A公司的报表也可看出，2008年－2010年，人力成本都占90%左右。
根据以上分析，通过讲理由、摆事实，主管税务机关最终接受了A公司的解释，没有再提出新的疑点，纳税质询得以消除。从上例的应对过程可以看出，纳税评估是税务机关质询在前，纳税人解释说明在后，属于征管环节的管理措施，其性质与税务检查有本质区别。但是，纳税人还是应当高度重视、认真对待。
