2012年12月4日，财税[2012]86号文出台，对增值税3%即征即退的税负分母基数进行了明确，“财税[2011]111号文第二条第（三）项、第（四）项中增值税实际税负是指，纳税人当期实际缴纳的增值税税额占纳税人当期提供应税服务取得的全部价款和价外费用的比例。”即3%即征即退的分母不仅包括租赁利息收入，还包括了租赁本金。
招银金融租赁有限公司（下称“招银租赁”）副总经理刘卫东指出，以金融租赁公司项目利差3%来测算，按86号文测算实际税负在0.7%，远低于税负超过3%才可即征即退的标准。实质也就是“营改增”前后租赁公司的流转税率从原来的利差的5%，扩大到了17%，增幅为240%，对租赁行业的发展造成了较大的影响。
民生金融租赁计划财务部总经理汤敏指出：“以不同的分母计算实际税负，差别非常大：以租金全额作为分母，实际税负约为0.5%；以租息作为分母，实际税负约为2.5%；以息差及租息减去财务利息支出作为分母，实际税负约为5%。”这也就说明，若以86号文的口径，即分母为租金全额，租赁公司的实际税负只有0.5%，远小于3%，无法达到即征即退的水平。
此外，财税[2011]111号文中明确3%即征即退是试点期间优惠政策。按照国家规划，最快有望在“十二五”（2011年~2015年）期间完成“营改增”。待“营改增”全面完成后，过渡期优惠政策能否延续还不得而知。
实务操作诸多难题
除了税负增加，刘卫东还指出了招银租赁在实务操作中遇到的一些难题，最主要就是增值税发票的收取。
由于及时获得设备款的增值税专用发票即可实现当期销项税额的抵扣，因此增值税专用发票的收取工作显得尤为重要。但所涉及的大型成套设备直租业务中，供应商往往多达数十家甚至上百家且均分布在全国各地，由项目经理去收取设备发票在时效性和完整性上很困难。建议考虑租赁物是由承租人根据企业生产需要自行选购的，同意由租赁公司与承租人签订委托购买合同，取得购买设备的进项发票。
另外，公司在开展船舶等大型设备租赁业务中，承租人往往在支付30%部分货款才开始招标融资方式（或者银行借款，或者融资租赁），其支付款项也已获得发票并且抵扣，租赁公司支付全额发票但很难取得70%部分货款发票。当然也拟采取30%部分供应商开具红字发票，或者承租人把30%部分货物再销售于租赁公司，但因承租人、供货商、租赁公司都在全国不同省份，与税局沟通成本较大，很难实际操作。
利息抵扣也是租赁公司“营改增”后遇到的棘手的问题。营业税下，银行开具的利息流水单可以作为租赁公司利息支出的扣减依据，而增值税下，利息流水单据不能作为差额征税的合法凭证。由于银行还未纳入“营改增”范围，租赁公司发生的利息支出无法从银行取得增值税发票进行抵扣，从而导致租赁公司发生的利息支出在交税时无法进行抵扣。
此外，许多租赁公司都反映，在实践中，很难做到资金流、票据流、物流一致，以机动车直租业务为例，厂商将增值税发票开给租赁公司，而租赁公司没有开具机动车增值税专用发票的资质，票据流无法向承租人传递。
