由于资产重组审计不同于一般的年报审计，因此，在审计中应结合委托方确定的会计制度基准进行审计，在审计前期应在业务约定书中与委托方明确审计应采用的会计制度基准。在按收购方会计政策和会计估计对目标公司进行审计时，由于与目标公司原会计制度基准不一致，注册会计师应在一般年报审计方法的基础上，进行会计政策调整的审计，对会计政策、会计估计变更采用模拟追溯调整。
四、审计报告形式
综上所述，资产重组审计应采用的会计基础基准和审计方法不同于一般的年报审计，其审计报告形式应是专项审计报告形式。
1、收件人：资产重组审计收件人一般应为拟收购方与出让方；若收购方受让国有股权对目标公司达到控制程度、收购股权或目标公司增资吸收新股东未达到控制程度的，则审计报告收件人一般应为目标公司董事会。
2、因资产重组的审计报告是特殊目的审计报告，故在报告引言段应说明已审计会计报表的编制基础以及被审计单位管理当局和注册会计师的责任。并在意见段中说明所审会计报表在所有重大方面是否按该基础进行公允表达。
3、应在报告的说明段说明报告的用途、使用责任，专项报告仅供委托方可能实行股权转让（吸收合并、新设合并）参考用，不应用作其他用途，因使用不当所造成的后果，与执行本专项审计业务的注册会计师及其所在的会计师事务所无关。
五、资产重组的会计报表及附注
资产重组会计报表一般应根据委托方所确定的会计制度基准编制目标公司资产负债表和利润表。资产重组会计报表附注内容一般应包括：（1）目标公司的基本情况；（2）会计报表编制所采用的会计政策、会计估计，若与目标公司实际执行的会计制度基准不一致，应说明目标公司实际执行的会计政策、会计估计，并说明编制本会计报表时是如何按确定的会计政策、会计估计进行调整的；（
