一、医院审计中存在的主要问题
(一)审计监督工作滞后
当前医院基建项目审计工作主要是对项目完工后进行的决算审计，无法对基建工程进行全过程的监督，特别是基建维修项目，审计部门根本就无法掌握情况。管基建维修的科室不及时整理送审资料，有的维修项目已维修了好几年还没有结账。甚至维修项目已拆除还没结账，以致于维修项目中的许多内容无法核实，建设过程中存在的问题无法及时发现，审计监督根本就到不了位。
(二)审计工作方法落后
许多单位领导没有信息化管理意识，不愿意投入更多的经费在审计工作上，有的审计科电脑都没有，即便有电脑也没有配备基建审计软件，审计还是采用手工方法进行核对，这样不仅工作量大，而且数字核对不准，效率低下，严重影响了审计工作的开展。有的单位由于缺乏专业审计人员，根本就不进行审计，直接根据施工方的送审价进行打折，造成送审方虚报送审价。
(三)审计职责不清
审计是由专职机构和人员对被审计单位的财政、财务收支及其他经济活动的真实性、合法性和效益性进行审查和评价的独立的经济监督活动。审计的基本职能是监督，而且是经济监督，是以第三者身份所实施的监督。目前，许多医院管基建维修的科室没有配备专门的基建预决算员，只知道让基建队人员施工，不要求对方做预算图和造价预算，协商项目也不与对方谈价，仅仅是在结算时核对一下工程量，根本就不知道套定额，最后谈价和套定额的任务就落到了审计部门身上。审计部门变成了既是执行者，又是监督者，导致职责不清，容易引起腐败现象的发生。
(四)审计人员配置不合理
单位领导不重视内审工作，内审机构不健全，人员配置不合理。有的将纪检、监察、审计放一个部门办公，还有的虽然设立了工程审计岗，但不是专业工程审计人员，有的即使是配备了专业工程审计人员，但人员配置不是根据工作任务、工作量而定的，随意配置1至2人，导致从事工程审计的人员数量少与工程审计任务繁重的矛盾日益突出，造成工程审计人员长期超负荷工作，严重影响了工程审计的效果。
(五)聘请的会计师事务所审计质量不高
按照审计法的相关规定，基建项目达到一定的金额就必须请社会中介机构进行审计。在委托社会中介机构开展审计工作中，往往会存在一些问题，而医院却无法进行有效的监督管理。1、在实施审计过程中，受托社会中介机构串通被审计人或单位，泄露与被审计项目有关的秘密，严重违反职业道德，给医院造成经济损失。2、对有害于医院经济利益。争议较大的方面，不经院方代表到场，私自拍板定案。3、在套用定额和材料价格上不从实际出发，工作不认真负责，不到施工现场查看所用材料。不核实工程量。以致于核减幅度比较少，医院基建开支显著增加。
