除了国家税务总局《关于企业所得税应纳税所得额若干税收问题的通知》（国家税务总局公告2014年第29号公告，以下简称29号公告）规定的处理原则外，应该还有两个问题在实践中值得注意，税务总局最好再能够以“补丁性”文件的形式给予重新明确，否则也容易引起税企之间的争议：
1.股东将资产（现金资产除外）划给企业，应该做视同销售处理。资产的权属在不同的法人实体之间发生变更原则上来说应该征收企业所得税，这是《企业所得税》的一个基本规则。具体到税收政策中，《企业所得税法实施条例》第二十五条及国家税务总局《关于企业处置资产所得税处理问题的通知》（国税函[2008]828号）中都做了规定，因此，股东将资产划转给企业，首先应该作为视同销售处理，确认视同销售收入和视同销售成本，同时按照公允价格确认投资资产的计税基础。另外，如果划转出去的资产是长期股权投资，那么满足财政部、国家税务总局《关于企业重组业务企业所得税处理若干问题的通知财税》（[2009]59号，以下简称59号文）时，也应该可以适用于特殊性税务处理的待遇，按照59号文的规定来进行处理，但是这个问题在实践中需要与主管税务机关进行充分沟通，笔者曾遇到过争议的案例，同时也有企业成功取得了特殊性税务处理的备案。
2.满足29号公告的条件时，股东将资产捐赠给企业，会计上定性为权益性交易，但是在税收处理上，笔者认为应该按照上文“1”中的方式来处理，股东在划出资产时，应该确认的是长期股权投资，而不应该是捐赠支出，如果税收上将其作为捐赠支出的来处理，那么股东除了做视同销售外，另外还得确认一个税收意义上的“营业外支出”，这个捐赠的营业外支出不属于公益性捐赠，在企业所得税上是无法抵扣的。既然交易的属性上已经确认了属于股东投资的资本，那么税收处理上也不能够按照字面的“一般捐赠”来处理，而是应该按照一个投资行为来处，未来在企业所得税税前扣除时应该以投资资产的形式扣除，而不应该按照捐赠的“营业外支出”来处理。这一点需要税务总局给予明确，否则将出现税企的争议问题。
29号公告第二条第二款规定“企业取得股东划入的资产，凡作为收入处理的，应按公允价值计入收入总额，计算缴纳企业所得税，同时按公允价值确定该项资产的计税基础”。也就是说，会计上都计入到了收入中了，不能满足第一条的款的条件了，那么税收上也将其确认为收入缴纳企业所得税，同时划入的资产可以按照公允价值作为计税基础在计算应纳税所得额时扣除。但是，需要注意的是，这种情况下无法定性为权益性交易行为，那么划出方除了确认视同销售外，支出的所得税是应确认为捐赠呢，还是应确认为投资资产的计税成本？不同的税务处理，对划出方的影响将非常的大，这个问题需要进一步的明确。
