第一，企业首先要判断研发项目是否属于《国家重点支持的高新技术领域》和国家发展改革委员会等部门公布的高技术产业化重点领域，这是企业享受加计扣除税收优惠的前提。根据执业经验，部分地区主管税务机关对企业申报的研究开发项目会要求企业提供地市级以上政府科技部门出具的研究开发项目鉴定意见书。企业还应做好对内部研发资料的归集和整理，如研发项目的立项决议书（包括企业内部立项、省科技局立项）、项目计划书和研究开发费预算、编制项目研究开发人员名单、研发项目效用情况说明以及研发成果报告等资料的搜集与保管。
第二，账务独立核算，应设专门核算科目，以正确归集、核算企业发生的研发费用。若企业未设立专门的研发机构或企业研发机构同时承担生产、经营任务的，应对研发费用和生产经营费用分开核算，准确、合理的计算各项研究开发费用支出，对划分不清的，不得加计扣除。若企业在1个纳税年度内进行多个研究开发活动的，应按照不同开发项目分别归集可加计扣除的研究开发费用额。
第三，注意与高新技术企业认定相关账目相区别。根据规定，企业申请高新技术企业认定时也需要归集和认定研发费用，其依据是《高新技术企业认定管理工作指引的通知》（国科发火〔2008〕362号，以下简称指引），巧合的是，该文件规定的高新技术企业研发费用的范围也是8项，与116号文件有相似之处。再加上此次增加的5项可扣除费用后，加计扣除研发费用的核算范围更加趋近于高新技术企业研发费用的核算范围。但整体来看，指引规定的研发费用范围还是比加计扣除研发费用范围要大。
比如，在人员人工方面，指引并没有区分在职或外聘，只规定了“从事研究开发活动人员”，范围较广，可以认为既包括在职人员，也包括外聘人员。而116号文件则明确规定只能是在职人员，外聘人员的相关费用是不能被加计扣除的。再如，指引归集的办公费、通讯费、专利申请维护费、高新科技研发保险费等，并没有被列入加计扣除中费用范围，企业不能加计扣除。
由于高新技术企业在认定时已经归集过研发费用了，因此往往被财务人员误以为二者是一致的，直接用高新技术企业认定时归集的研发费用用于加计扣除，很容易导致多扣除，企业必须加以注意。
第四，企业应注意按照当地税务机关有关加计扣除纳税审批备案申报的管理流程及时提交各项资料，以免错过提交时间导致无法享受税收优惠。在具体税务管理上，要注意实际发生的研究开发费，企业在年度中间预缴所得税时，允许据实计算扣除，在年度终了办理所得税年度申报和汇算清缴时，再依照规定计算加计扣除。
