对新设立的二级分支机构，第十六条第二款、第三款明确了两种例外情形，即不视同新设二级分支机构的情形，主要考虑这些机构之前已经存在并已就地分摊缴纳税款，重组之后继续作为二级分支机构管理的，按照实质重于形式的原则，不应作为新设分支机构，应该按规定继续计算分摊并就地缴纳税款。具体包括企业外部重组与内部重组两种情形：（1）汇总纳税企业当年由于重组等原因从其他企业取得重组当年之前已存在的二级分支机构，并作为本企业二级分支机构管理的，该二级分支机构不视同当年新设立的二级分支机构，应按办法规定计算分摊并就地缴纳企业所得税。（2）汇总纳税企业内就地分摊缴纳企业所得税的总机构、二级分支机构之间，发生合并、分立、管理层级变更等形成的新设或存续的二级分支机构，不视同当年新设立的二级分支机构,应按办法规定计算分摊并就地缴纳企业所得税。
七、分支机构计算分摊税款的三个因素如何确定？计算分摊税款的比例是否调整？
（一）“三因素”的确定。《办法》第十五条明确规定，总机构应按照上年度分支机构的营业收入、职工薪酬和资产总额三个因素计算各分支机构分摊所得税款的比例。这就将“三因素”的所属区间统一限定为“上年度”，改变了28号文件对“三因素”所属区间“1-6月份按上上年度，7-12月份按上年度”的规定，保证了一个纳税年度内上半年预缴、下半年预缴以及汇算清缴都采用一个所属区间的“三因素”数额计算分配比例，还可以克服新设立企业第二年上半年因没有上上年度“三因素”数额而无法参与就地分摊缴税的问题。
第十七条又细化了“三因素”的具体所属区间和具体内涵，即上年度分支机构的营业收入、职工薪酬和资产总额，是指分支机构上年度全年的营业收入、职工薪酬数据和上年度12月31日的资产总额数据，是依照国家统一会计制度的规定核算的数据。明确了“三因素”是会计核算数据，而不是《企业所得税法》规定的概念，不需要进行纳税调整，这可以提高“三因素”的确定性，减少总分支机构主管税务机关之间的分歧。
（二）分摊税款比例的调整。第十五条规定，分支机构分摊比例按《办法》规定方法一经确定后，当年一般不作调整，即在当年预缴税款和汇算清缴时均采用同一分摊比例。针对上市公司等在首次预缴分摊采用的“三因素”与其后经过注册会计师审计的“三因素”数据存在差异的情况，第十七条进一步说明，一个纳税年度内，总机构首次计算分摊税款时采用的分支机构“三因素”数据，与此后经过中国注册会计师审计确认的数据不一致的，不作调整，保证了年度内分摊比例的一致性。
