为加强跨地区经营汇总纳税企业所得税的征收管理，根据《财政部国家税务总局中国人民银行关于印发〈跨省市总分机构企业所得税分配及预算管理办法〉的通知》（财预[2012]40号）（以下简称40号文件）等的精神，税务总局在充分调查研究的基础上，对《国家税务总局关于印发的通知》（国税发[2008]28号）（以下简称28号文件）进行了修订和完善，制定了《跨地区经营汇总纳税企业所得税征收管理办法》（以下简称《办法》），并发布公告。现将《办法》的主要内容解读如下：
一、如何把握40号文件的主要政策变化点？
与《财政部国家税务总局中国人民银行关于印发的通知》（财预[2008]10号)相比，40号文件的政策变化点主要体现在：（1）明确总分机构参与汇算清缴税款分配，即汇算清缴应补应退税款按照预缴分配比例分配给总分机构，由总分机构就地办理税款缴库或退库，改变了汇缴补退税均通过中央国库办理、总分机构都不参与就地分享的做法。（2）明确了总分机构查补税款就地入库问题，突破了就地监管的政策瓶颈。（3）不适用范围的调整，企业所得税全额归属中央收入的企业由14家调整为15家。（4）分支机构“三因素”所属区间的调整，统一确定为上年度，不再区分上上年度和上年度。（5）明确当年撤销的分支机构自办理注销税务登记之日起不参与分摊，不再从第二年起才不参与分摊。（6）采用会计准则的表述和口径，将“三因素”中的“经营收入”改为“营业收入”，“职工工资”调整为“职工薪酬”，对“资产总额”的解释不再排除无形资产。（7）增设和修订了若干预算科目。这些政策变化点，都已完整地体现在《办法》相关条款中。
二、现行跨地区经营汇总纳税企业所得税征管的文件主要有哪些？《办法》与这些文件的关系是什么？
现行跨地区经营汇总纳税企业所得税征管方面的文件，主要包括28号文件、国税函[2008]747号、国税函[2008]958号、国税函[2009]221号、国税发[2009]79号、国税发[2008]120号、税务总局公告2011年第25号、税务总局公告2012年第12号等文件，其中，28号文件是核心规定，其他文件是重要补充。
《办法》以28号文件为母版进行了增减修订，增加了二级分支机构判定（第四条、第二十三条、第二十四条）、不同税率地区计算（第十八条）和计算差错纠正（第二十条）（来自国税函[2009]221号），新设分支机构判定（第十六条）（来自国税函[2008]958号），分支机构汇缴报送资料（第十一条）（来自国税函[2009]221号、国税发[2009]79号），资产损失管理（第二十五条）（来自税务总局公告2011年第25号），税收优惠管理（第二十六条）（来自税务总局公告2012年第12号），不得核定征收（第三十一条）（来自国税函[2008]747号），征管范围划分（第三十条）（来自国税发[2008]120号）等很多现行有效规定，并进行了更为准确和精炼地表述。
