五、对二级分支机构查补税款如何计算？如何在总分机构之间进行分摊？依据的原则是什么？
税务总局广泛征求了财政部、各省市国地税局以及部分纳税人的意见。综合各方反馈意见，对二级分支机构查补税款计算与分摊入库问题的处理要遵循三个原则，一是要坚持法人所得税制，二是要遵循40号文件的基本分配框架，三是要尽量提高二级分支机构所在地税务机关就地监管的积极性。
基于此，《办法》第二十八条明确，二级分支机构所在地主管税务机关可自行对其主管二级分支机构实施税务检查，但对查补税款的计算应按照法人所得税制的要求进行，不得侵犯纳税人的合法权益。同时明确，对二级分支机构的查补税款，50%应分配给总机构缴纳（总机构所在地和中央国库待分配账户各占25%），50%分配给参与检查的二级分支机构缴纳，没参与检查的其他二级分支机构不参与查补税款的分配。这样，既坚持了40号文件的基本分配格局，又适当体现了对就地监管努力的尊重，有利于提高征管效率，堵塞征管漏洞。另外，对这一问题的处理，也将在税务总局与财政部、中国人民银行联合发布的文件中得到体现。
六、跨地区经营汇总纳税企业哪些机构就地分摊缴纳企业所得税？哪些机构不就地分摊缴纳企业所得税？
（一）就地分摊缴纳企业所得税的机构。《办法》第四条规定：总机构和具有主体生产经营职能的二级分支机构，就地分摊缴纳企业所得税。二级分支机构，是指汇总纳税企业依法设立并领取非法人营业执照（登记证书），且总机构对其财务、业务、人员等直接进行统一核算和管理的分支机构。这是对二级分支机构法律形式和运营特点的一般概括。
办法同时明确了一种视同二级分支机构的情形，属于二级分支机构特例。第十六条第一款规定：总机构设立具有主体生产经营职能的部门（非办法第四条规定的二级分支机构），且该部门的营业收入、职工薪酬和资产总额与管理职能部门分开核算的，可将该部门视同一个二级分支机构，按办法规定计算分摊并就地缴纳企业所得税；该部门与管理职能部门的营业收入、职工薪酬和资产总额不能分开核算的，该部门不得视同一个二级分支机构，不得按办法规定计算分摊并就地缴纳企业所得税。
（二）不就地分摊缴纳企业所得税的机构。《办法》第五条明确了不就地分摊缴纳企业所得税的二级分支机构，具体包括：（1）不具有主体生产经营职能，且在当地不缴纳增值税、营业税的产品售后服务、内部研发、仓储等汇总纳税企业内部辅助性的二级分支机构，不就地分摊缴纳企业所得税。（2）上年度认定为小型微利企业的，其二级分支机构不就地分摊缴纳企业所得税。（3）新设立的二级分支机构，设立当年不就地分摊缴纳企业所得税。（4）当年撤销的二级分支机构，自办理注销税务登记之日所属企业所得税预缴期间起，不就地分摊缴纳企业所得税。（5）汇总纳税企业在中国境外设立的不具有法人资格的二级分支机构，不就地分摊缴纳企业所得税。
