三、如何把握《办法》的基本框架和主要内容？
《办法》共三十三条，分为总则、税款预缴和汇算清缴、总分机构分摊税款的计算、日常管理、附则等五部分。具体来说：
第一章：总则（共五条）。主要包括立法依据、适用范围、总体管理办法等规定，解决了《办法》中一般性和总括性的重要问题。
第二章：税款预缴和汇算清缴（共七条）。主要包括税款分配基本格局、预缴申报和汇缴申报的内容，属于汇总纳税企业所得税征收管理中的征收部分，突出了汇缴申报中分支机构分配表（第十一条）的作用，明确首次预缴申报时报送分支机构上一年度的年度财务报表（或年度财务状况和营业收支情况）（第九条），以利于相互比对，也有利于就地启动税务检查。
第三章：总分机构分摊税款的计算（共八条）。概括了总机构、分支机构计算分摊税款的全过程，与28号文件相比，这一计算过程更加完整和系统，突出强调了总机构计算公式（第十三条）、分支机构计算公式（第十四条）、分支机构“三因素”所属区间（第十七条）、总分机构不同税率情况下的计算（第十八条）和计算错误的处理（第二十条）。
第四章：日常管理（共十一条）。初步搭建了一个涵盖税务登记信息沟通、二级分支机构判定、挂靠机构处理、资产损失管理、税收优惠管理、税务检查（税款计算、分配、信息沟通）、信息平台建设和维护、总分机构主管税务机关划分、征收方式鉴定等较为系统的日常管理体系。突出了沟通与协作的重要性（第四章），强调了就地监管机制中“二级分支机构判定”（第二十三条、二十四条）和“就地检查”（第二十七条、二十八条）的管理抓手作用。
第五章：附则（共两条）。包括授权条款、施行时间、废除文件和新旧衔接条款。
四、跨地区经营汇总纳税企业如何进行企业所得税汇算清缴？
《办法》第十条规定：汇总纳税企业汇算清缴时，由总机构汇总计算企业年度应纳所得税额，扣除总机构和各分支机构已预缴的税款，计算出应缴应退税款，按照规定的税款分摊方法计算总机构和分支机构的企业所得税应缴应退税款，分别由总机构和分支机构就地办理税款缴库或退库。同时明确：涉及退税时，也可经总、分机构同意后分别抵缴其下一年度应缴企业所得税税款。第十一条规定了总分支机构汇算清缴时应报送的申报表、财务报表及其他相关资料。
纳税人关注的是分支机构是否要实质地参与汇算清缴，是否进行年度纳税调整，从上述规定可以看出，汇算清缴的主体仍然是总机构，分支机构并不需要进行年度纳税调整，自行计算应纳税所得额和应纳税额，只是根据总机构填报的分配表中应缴应退的税款，就地申报补退税。为了保证汇缴工作的顺利进行，也需要分支机构填列年度纳税申报表，但只需要填列有限的几项，与总机构的年度纳税申报完全是两个概念。同时，为便利就地实施税务检查，也需要分支机构报送参与企业年度纳税调整情况的说明，该说明由总机构确认后提交，涉及需由总机构统一计算调整的项目不进行说明。
