三、对税务机关指定扣缴新设定了三种情形
指定扣缴适用于承包工程作业和提供劳务所得。根据《实施细则》第六十七条，对外国企业在中国境内从事建筑、安装、装配、勘探等工程作业和提供咨询、管理、培训等劳务活动的所得，税务机关可以指定工程价款或者劳务费的支付人为所得税的扣缴义务人。《企业所得税法》第三十八条规定，对非居民企业在中国境内取得工程作业和劳务所得应缴纳的所得税，税务机关可以指定工程价款或者劳务费的支付人为扣缴义务人。同时，《实施条例》第一百零六条规定，《企业所得税法》第三十八条规定的可以指定扣缴义务人的情形包括：（一）预计工程作业或者提供劳务期限不足一个纳税年度，且有证据表明不履行纳税义务的；（二）没有办理税务登记或者临时税务登记，且未委托中国境内的代理人履行纳税义务的；（三）未按照规定期限办理企业所得税纳税申报或者预缴申报的。另外，《实施条例》还规定了税务机关的告知义务：“扣缴义务人由县级以上税务机关指定，并同时告知扣缴义务人所扣税款的计算依据、计算方法、扣缴期限和扣缴方式。”
四、新增特定情况下的欠税追缴
对比原有的源泉扣缴规定，《企业所得税法》及《实施条例》新增了两项特定情况下的欠税追缴规定。第一项是扣缴义务人未依法扣缴应当扣缴的所得税，或者无法履行扣缴义务的，由纳税人在所得发生地缴纳。在中国境内存在多处所得发生地的，由纳税人选择其中一地申报缴纳企业所得税。第二项是纳税人未依法缴纳的应纳税款，税务机关可以从该纳税人在中国境内其他收入项目的支付人应付款项中，追缴该纳税人的应纳税款。该纳税人在中国境内其他收入，是指该纳税人在中国境内取得的其他各种来源的收入。税务机关在追缴该纳税人应纳企业所得税时，应当将追缴理由、追缴数额、缴纳期限、缴纳方式等告知纳税人。
扣缴义务人需要注意的是，对按税法规定实行源泉扣缴的税款，扣缴义务人应扣未扣的，即使纳税人已补缴税款，也不能免除扣缴义务人的法律责任。即税务机关可根据《税收征管法》第六十九条的规定，在向纳税人追缴应缴未缴税款的同时，对扣缴义务人处以应扣未扣税款50%以上三倍以下的罚款。
五、非居民企业取得权益性投资收益不再免税
原税法第十九条规定，外国投资者从外商投资企业取得的利润，免征所得税。与此相关的文件还有《国家税务总局关于外商投资企业、外国企业和外籍个人取得股票（股权）转让收益和股息所得税收问题的通知》（国税发[1993]45号）。根据国税发[1993]45号文件，持有B股或海外股的外国企业，从发行该B股或海外股的中国境内企业所取得的股息（红利）所得，暂免征收企业所得税。
