利息费用的扣除问题
《土地增值税暂行条例实施细则》第七条第三项规定：财务费用中的利息支出，凡能够按转让房地产项目计算分摊并提供金融机构证明的，允许据实扣除，但最高不能超过按商业区银行同类同期贷款利率计算的金额。其他房地产开发费用，按本条第一、第二项规定计算的金额之和的百分之五以内计算扣除。凡不能按转让房地产项目计算分摊利息支出或不能提供金融机构证明的，房地产开发费用按本条第一、第二项规定计算的金额之和的百分之十以内计算扣除。
房地产开发企业向金融机构以外的单位和个人借款利息，无法取得金融机构证明，利息支出和其他房地产开发费用按取得土地使用权支付的金额和房地产开发成本金额之和的百分之十以内计算扣除。
开具发票的质量保证金可据实扣除
《土地增值税清算管理规程》第二十一条第一项规定：在土地增值税清算中，计算扣除项目金额时，其实际发生的支出应当取得但未取得合法凭据的不得扣除。如果合同约定以部分工程款作为质量保证金，符合合同法规规定的比例要求，并且开具了发票，应当作为房地产开发成本按规定扣除。
国家税务总局《关于土地增值税清算有关问题的通知》(国税函[2010]220号)第二条规定：“房地产开发企业在工程竣工验收后，根据合同约定，扣留建筑安装施工企业一定比例的工程款，作为开发项目的质量保证金，在计算土地增值税时，建筑安装施工企业就质量保证金对房地产开发企业开具发票的，按发票所载金额予以扣除;未开具发票的，扣留的质保金不得计算扣除。”
因此，开具发票的质量保证金可据实扣除。
