预征土地增值税问题
对于预征的土地增值税处理，应重点关注以下几方面：
(1)房地产开发项目全部竣工结算后，办理清算手续前，转让房地产取得收入的，应按规定预征土地增值税。
(2)办理清算手续前用建造的本项目房地产安置回迁户的，应按规定预征土地增值税。
(3)办理清算手续过程中转让房地产取得收入，未取得清算书面审核结果的，应继续按规定预征土地增值税。取得清算书面审核结果后，应按国税发[2006]187号第八条规定处理。
(4)法院等有关部门对房地产开发企业的房地产实施强制拍卖、变卖后，房地产开发企业未按规定的期限办理土地增值税申报手续，经主管税务机关责令限期申报，逾期仍不申报的，应按有关规定核定征收土地增值税，不得预征土地增值税。
取得土地使用权后未开发或部分开发的扣除项目
取得土地使用权后不进行开发或者进行部分开发的扣除项目，应按照是否进行实质性的土地整理、开发为标准，并区分两种情况进行处理：
1.取得土地使用权后未进行任何形式的开发即转让的，其扣除项目如下：(1)取得土地使用权所支付的金额和按国家统一规定交纳的有关费用，包括契税;(2)与转让土地使用权有关的税金，包括印花税、营业税金及附加、地方教育附加。
2.取得土地使用权后进行了实质性的土地整理、开发，但未建造房屋即转让土地使用权的，其扣除项目如下：(1)取得土地使用权所支付的金额和按国家统一规定交纳的有关费用，包括契税;(2)开发土地的成本;(3)加计开发土地成本的百分之二十;(4)与转让土地使用权有关的税金，包括印花税、营业税金及附加、地方教育附加。
合作建房的计税收入和扣除金额的确定
以合作建房形式开发房地产的土地增值税计税收入和扣除金额的确定应区分以下三种情况：
1.一方出地、一方出资合作开发房地产项目，双方不成立合营企业。合作中出地方以转让部分土地使用权(房地产)为代价，换取部分房地产所有权的，按国税发[2006]187号第三条第一项确认收入。对于出资方以转让部分房地产所有权为代价，换取部分土地使用权(房地产)的，按国税发[2006]187号第三条第一项分别确认土地增值税计税收入和取得部分土地使用权所支付金额。国税发[2006]187号第三条第一项规定，房地产开发企业将开发产品用于职工福利、奖励、对外投资、分配给股东或投资人、抵偿债务、换取其他单位和个人的非货币性资产等，发生所有权转移时应视同销售房地产， 其收入按下列方法和顺序确认： (1)按本企业在同一地区、同一年度销售的同类房地产的平均价格确定;(2)由主管税务机关参照当地当年、同类房地产的市场价格或评估价值确定。
