2.出地方以土地使用权(房地产)、出资方以货币资金作价入股，成立合营企业，从事房地产开发，建成后双方采取分配方式为：(1)风险共担，利润共享的;(2)按销售收入一定比例提成或提取固定利润的;(3)按一定比例分配房地产的。对于上述合营企业，以出地方土地使用权(房地产)作价入股时确认的评估价值作为取得土地使用权所支付金额;对于出地方，以土地使用权(房地产)作价入股时确认的评估价值作为转让土地使用权(房地产)所取得土地增值税计税收入。
根据财政部、国家税务总局《关于土地增值税若干问题的通知》(财税[2006]21号)第六条规定，对于2006年3月2日以后发生的，出地方以土地使用权(房地产)作价入股，成立合营企业从事房地产开发的，应征收土地增值税。
3.一方出资、一方出地合作开发的房地产项目，项目公司成立前为该项目各自支付的土地或工程款，能提供合法有效凭证的，允许在该项目清算时予以扣除。
公共配套设施费应区别扣除
对于公共配套设施费的扣除问题也应区别对待：
1.房地产开发企业预提的公共配套设施费不予扣除。
2.房地产开发企业向建设部门缴纳市政配套设施费并取得相应的财政专用收据的，应作为房地产开发成本的公共配套设施费计算扣除。
3.对于按照规定应移交而未移交的公共配套设施，其成本、费用按照以下原则处理：
(1)属于政府、公用事业单位原因不能及时接收的，经接收单位或者政府部门出具证明，由清算小组合议确定后，其成本、费用可以扣除;
(2)未移交的公共配套转为企业自用或用于出租等商业用途时，不得扣除相应的成本、费用。
4.房地产开发企业将开发产品或者公共配套设施等转为自用，其房地产所有权未发生转移，不属于土地增值税视同销售的范围，不应确认转让收入。该部分开发产品或者公共配套设施所应分担的土地成本、开发成本和开发费用不得计算扣除。
5.房地产开发企业因从事拆迁安置从政府部门取得的补偿以及财政补贴款项，可抵减房地产开发成本中的土地征用及拆迁补偿费的金额;房地产开发企业与国家有关业务管理部门、单位合资建设，建设的公共配套设施建设完工后有偿移交的，国家有关业务管理部门、单位给予的经济补偿，可抵减房地产开发成本中的建筑安装工程费。
普通住宅和非普通住宅应分别计算增值额
国税发[2006]187号第一条第二项规定：开发项目中同时包含普通住宅和非普通住宅的，应分别计算增值额。
尽管上述情形立项时是一个项目，但计算土地增值税时需要分为两个项目进行清算，收入及相应税金完全可以分开计算，至于相关成本如何扣除，国税发[2006]187号文件第四条第五项规定，属于多个房地产项目共同的成本费用，应按清算项目可售建筑面积占多个项目可售总建筑面积的比例或其他合理的方法，计算确定清算项目的扣除金额。
