有限责任事务所实行法人治理结构是新体制所要求的，现在看来，主任会计师自觉地执行有限责任制的各种规范是个关键。合伙事务所按照规定则要建立合伙人管理委员会来管理事务所。合伙所的合伙人应该总结改制后的实践经验，进一步建立健全合伙人治理结构，特别是合伙所的主任会计师是代表合伙人管理委员履行职责的，对事务所的重大问题的决定要经其他合伙人讨论，做出决定后才能去执行。合伙人之间要注意沟通，绝不能独断专行。
二、严格内部管理，建立内部控制机制
会计师事务所内部的组织构架必须适应各个时期执行业务的需要，执业范围扩大了，内部的组织构架也必须及时调整。组织构架的调整，既要考虑到业务的发展，又要考虑到内部专业人才的综合利用。从目前各事务所管理的情况看，必须建立以下三个内部约束机制。
1、执业质量控制机制
构成这个机制的有四个环节：一是事务所要有统一的反映审计项目财务状况和反映整个审计轨迹的全所统一的工作底稿；二是要有一套从承接审计项目到出具审计报告的操作规范；三是实行三级复核要明确各自的重点；四是要有专门的机构和人员去审核、检查这些制度的落实，以保证各项审计业务不出现审计质量问题。
2、财务核算控制机制
会计事务所的各部门，包括兼营业务的部门在内，对外不管挂什么招牌，都是本所不可分割的组成部分；在外地的各个分支机构，都是事务所的派出机构。按照财务制度规定，全所要实行统一核算，统付盈亏。但实际上现在有些大所做不到统一承接业务、统一执业标准、统一出具审计报告、统一核算统负盈亏，特别是统一核算、统付盈亏做不到。其原因从客观上看，许多大所是由分散在各地的事务所联合而成。这些事务所的所在地经济发展水平不同、收入不同，由于原来各所分配的水平不同，所以很难一下子把它拉平。从主观上看，联合的目的，有的事务所（不是全部）看中的是总所的资格，因为总所资格较多，愿与之联合，只要总所有资格，分所都可以执业；而有的总所看中的只有市场份额，可以打入异地市场，也可以取得一部分管理费，所以愿意与小所联合。但联合以后，长期不能做到“四统一”。这种所实际是搞小组承包或个人分散执业，事务所只不过是一个松散的联合体，要这个联合体的目的是为了取得执业资格而已。
3、业务项目开发和管理机制
业务开发首要的还是以诚信、质量、好的服务去赢得客户，巩固老客户，把临时客户转为固定客户，以信誉让客户主动上门找服务。二是走出去，扩大幅射范围，扩大市场份额。三是开拓新的业务领域，要发挥大所专业人员多的特点，开拓别人承担不了的新业务领域。四是研究建立业务承接网络。业务项目开发重要，事务所内部的项目管理也同样重要。
