以上原因的存在，部分在于我国税制改革进程和税制设计、政策安排本身的问题。如增值税征收范围尚未全面覆盖，“营改增”试点范围尚待拓宽，人为设定过高的一般纳税人门槛，试点前后购进固定资产税负迥异等。另外，我国“营改增”采取的是地区性试点再逐渐分行业、分地区展开的方式，使得“营改增”企业的税负上升与否，与其成本结构、扣税凭证的易得性、何时购入新固定资产，以及购入何种固定资产等都密切相关。
此外，新税制实施之初，税制宣传不到位，纳税人对政策掌握不足，也是部分企业税负上升的原因之一。
归纳起来，上述原因的存在，既有阶段性因素，也有制度性因素，还有技术性因素。而税负上升的纳税人中，有的税负承受能力较强，有的相对较弱。因此，问题的解决也应区别对待，有的放矢。
总的来看，税负上升的一部分“营改增”企业，将随着我国试点地区和行业的扩大，企业专业化分工的细化，有关配套措施的逐步到位，而获得更加充分的进项税额抵扣，从而逐步解决税负增加问题，不需要额外的特殊调节。况且，税制改革本身涉及利益再调整，“营改增”作为结构性减税政策的重要实践载体，在总体税负下降的同时，出现少数行业或企业税负上升，属于税制改革的正常结果。随着我国“营改增”双“扩围”工作2013年8月1日正式在全国推开，十分有必要在全社会准确宣传试点政策及目的，以避免试点企业对政策产生不合理预期。当然，对于一些税负承受能力较弱，而又关系经济发展大局与全局的部分行业或企业，应该实施相应的配套改革举措。
比如，税负增加的现代服务业，税率仅增加1个百分点，计税依据由原含税价格变成不含税价格，即计税基数变小，且实行增值税后，购进相关货物或劳务均可抵扣税款，税负平衡点低至4%，其税负即使增加，问题也并不严重，加之现代服务业往往属于上游企业，税负转嫁较为容易，因此，对这类企业增加税负并不需要给予太多关注，这符合我国当前实施结构性减税政策的基本精神。
但对于“营改增”后税负增加较多且税负承受能力不强的水路运输与陆路运输企业，则应积极寻求办法，解决其税负上升问题。如，可以实行一定时期的财政补贴政策，对购进运输设备实施一定比例的存量税款抵扣。
还需要明确的是，我国“营改增”试点改革的主要目的是优化税制，消除重复征税，促进产业结构的调整。因此，解决部分企业税负上升最为根本的办法是加快我国规范的增值税税制的建设步伐。主要包括：除少数情况外，对货物销售和劳务提供统一征收增值税；减少税率档次；减少免税面和小规模纳税人范围，大力增加一般纳税人的总量规模；规范税收优惠；优化增值税扣税凭证管理办法。以此为切入点，加快我国财税体制改革进程，为我国经济增长、经济结构调整，提供更好的发展环境。
