三、在年度企业所得税汇算清缴中应注意的问题。根据《国家税务总局关于企业所得税税收优惠管理问题的补充通知》（国税函〔2009〕255号）规定，自2008年1月1日起，国家制定的各项税收优惠政策，凡未明确为审批事项的，均实行备案管理。备案管理又分为事先备案和事后报送相关资料两种方式，具体划分除国家税务总局确定外，其他由各省级国税局、地税局在协商一致的基础上确定。该文件同时规定，列入事先备案的税收优惠，纳税人应向税务机关报送相关资料，提请备案，经税务机关登记备案后执行。对需要事先向税务机关备案而未按规定备案的，纳税人不得享受税收优惠；经税务机关审核不符合税收优惠条件的，税务机关应书面通知纳税人不得享受税收优惠。列入事后报送相关资料的税收优惠，纳税人应按照企业所得税法及其实施条例和其他相关税收规定，在年度纳税申报时附报相关资料，主管税务机关审核后如发现其不符合享受税收优惠政策条件的，应取消其自行享受的税收优惠，并相应追缴税款。
根据以上政策规定，税务机关在对享受税收优惠的小型微利企业所得税汇算清缴中应注意以下两方面的事项。
一是备案管理。目前有的税务机关将小型微利企业所得税优惠列入事先备案，也有的列入事后报送相关资料。但是,不论是采取事先备案还是事后报送相关资料的管理方式，主管税务机关都必须对企业提供相关证明材料进行审核认定，对事先应向税务机关备案或事后应向税务机关报送相关证明材料而未按规定提供备案或报送相关资料的，以及经税务机关审核不符合条件的，均不得享受企业所得税的优惠。优惠条件备案认定，实行动态管理，每年认定一次。
二是备案或报送的资料。包括税收优惠备案表，企业职工月度工资表或花名册，接受劳务派遣用工的协议，资产负债表，年度企业所得税纳税申报表，主管税务机关要求报送的其他资料。
三是税务机关审核。纳税年度终了后，主管税务机关要根据企业当年的有关指标，核实企业当年是否符合小型微利企业条件。企业当年有关指标不符合小型微利企业条件，但已按优惠税率计算缴纳所得税的，在年度汇算清缴时应当追缴其税款。如符合小型微利企业条件的，在下一年预缴申报时可以直接按小型微利企业优惠规定和适用税率预缴企业所得税。
