此外，还要考虑企业所得税的影响。农机化技术是一项综合性强、涵盖面广的复杂工程技术，不仅涉及农业装备科技进步，也与生物、工程、信息、环境技术等密切相关。农机企业集团要想发展有后劲，必须有大量研发投入，农机生产公司完全可以具备申报高新技术企业的条件，从而享受高新技术企业15%的企业所得税优惠税率，而由于农机销售公司是不可能进行生产研发的，只能按照25%的税率纳税，如果将大额利润转移到农机销售公司，虽然农机批发环节增值额免征增值税，但由于税率差，会引起企业所得税税负上升。
（二）设立物流公司
如今，企业销售产品，往往是送货到对方的仓库。如果企业自己运输，就存在混合销售行为。税法对混合销售行为按“经营主业”来确定征税，只选择一个税种：增值税或营业税。在实际经营活动中，农机集团主业是缴纳增值税的制造业，这意味着运输劳务要按照适用税率缴纳增值税，运输收入缴纳的税收就从营业税的3%变为增值税的13%或17%。增值税为价外税，如果按运输成本为不含税价格定价，加上增值税的产品售价就没有竞争力，如果不调高售价，就意味着收入直接降低，进而利润降低。也可以选择由其他运输公司承运，主要有两种运输方式：一是买方承担，运输公司直接开具发票给买方；二是卖方承担，运输公司直接开具发票给卖方，第一种税负情况明显优于第二种。
作为集团企业，主营农机、零部件的制造，客户遍布全国各地，运输成本是非常高的，完全依靠集团外运输公司，不能有效降低成本且无法取得定价的主动权。综合考虑各种因素，企业可以采取设立独立的物流公司的模式。这样有利于集团公司长远发展和利益最大化，有利于合理利用物流资源和有效降低物流成本，提高产品竞争能力和企业核心竞争力。单设物流公司按照3%的税率缴纳营业税，也有效降低了整个集团的增值税税负。
“营改增”试点后纳税模式的变化
（一）混业经营按照不同税率纳税
混业经营，指试点纳税人“兼有”不同税率或者征收率的销售货物、提供加工修理修配劳务或者应税服务的行为。“营改增”试点后，增值税的适用税率包括17%、13%、11%、6%和零税率五种，征收率主要有6%、4%和3%三档。分别核算不同税率或者不同征收率的货物或者应税劳务，可以适用不同的税率或者征收率。比如，集团采购中心在销售存货过程中收取的吊装费、油品配送费，可以按照物流辅助业务，缴纳6%的增值税；物流公司对外提供一项运输服务，随之提供的装卸、配载等物流辅助服务，也可以分开核算，运输服务按照11%税率纳税，而物流辅助按照6%税率纳税。
