其免抵退税的会计核算与申报应分三步：
第一步：申报纳税
1.根据实现的国内运输收入：
借：银行存款——××公司 6660000
贷：主营业务收入——国内运输业务收入 6000000
应交税费——应交增值税（销项税额） 660000。
2.根据购进小型货船固定资产（成本核算会计分录略）：
借：固定资产 5000000
应交税费——应交增值税（进项税额） 850000
贷：银行存款 5850000。
3.根据实现的国际运输收入：
借：银行存款 2000000
贷：主营业务收入——国际运输业务收入 2000000。
4.当期应纳税额＝销项税额－（进项税额－当期免抵退税不予抵扣税额）＝660000－（850000－0）＝-190000（元）。
根据上述情况，该企业在9月的增值税申报期内，填报增值税纳税申报表及附表。
第二步：申报免抵退税
1.当期国际运输收入免抵退税额＝当期零税率应税服务免抵退税计税价格×外汇人民币牌价×零税率应税服务退税率＝2000000×11%＝220000（元）。
2.由于期末留抵税额190000元小于免抵退税额220000元，应退税额＝期末留抵税额＝190000元，当期免抵税额＝220000－190000＝30000（元）。
该公司根据以上计算的数额，在9月增值税申报期内，生成免抵退税正式申报电子数据，打印《免抵退税申报汇总表》、《零税率应税服务（国际运输）免抵退税申报明细表》等相关报表及其附表，并提供零税率应税服务的载货、载客舱单等相关原始凭证，向税务机关申报“免、抵、退”税。
第三步：做账计税
1.9月末，根据税务机关审批的免抵退税汇总表做账：
借：其他应收款——应收出口退税（增值税） 190000
应交税费——应交增值税（出口抵减内销产品应纳税额） 30000
贷：应交税费——应交增值税（出口退税） 220000。
2.收到退税款时：
借：银行存款 190000
贷：其他应收款——应收出口退税（增值税） 190000。
操作中需要注意：零税率应税服务提供者如同时有货物出口的，可结合现行出口货物免抵退税公式一并计算免抵退税。适用零税率的应税服务的生产企业，应按月向主管退税的税务机关申报办理增值税免抵退税或免税手续，并于作外销收入之日次月起至次年4月30日前的增值税纳税申报期内收齐有关凭证，向主管税务机关如实申报免抵退税
