分支机构所在地主管税务机关有权对其主管分支机构计算分摊税款比例的三个因素、计算的分摊税款比例和应分摊缴纳的所得税税款进行查验核对;对查验项目有异议的，应于收到汇总纳税企业分支机构所得税分配表后30日内向企业总机构所在地主管税务机关提出书面复核建议，并附送相关数据资料。总机构所在地主管税务机关必须于收到复核建议后30日内，对分摊税款的比例进行复核，作出调整或维持原比例的决定，并将复核结果函复分支机构所在地主管税务机关。复核期间，分支机构应先按总机构确定的分摊比例申报缴纳税款。
(三)汇总纳税企业的资产损失申报和优惠事项申请
汇总纳税企业发生资产损失，应按规定由总机构和二级分支机构分别向主管税务机关进行专项申报和清单申报，主管税务机关应强化对企业申报扣除的资产损失进行后续跟踪管理。
汇总纳税企业原则上由总机构统一向主管税务机关申报优惠事项的审(核)批或者备案手续;对于按照税收法律、法规和其他规定，由分支机构所在地主管税务机关管理的企业所得税优惠事项，分支机构所在地主管税务机关应加强审批(核)、备案管理，并通过评估、检查和台账管理等手段，加强后续管理。
(四)汇总纳税企业的监督检查
57号公告实施后，充分考虑了汇总纳税企业的特点，明确分别由总分机构所在地税务机关加强日常监督和检查。
跨省市汇总纳税企业的总机构所在地主管税务机关可以对企业自行实施税务检查，也可以与二级分支机构所在地主管税务机关联合实施税务检查。总机构应将查补所得税款(包括滞纳金、罚款，下同)的50%按照规定计算的分摊比例，分摊给各分支机构缴纳，50%分摊给总机构缴纳。
二级分支机构所在地主管税务机关应配合总机构所在地主管税务机关对其主管二级分支机构实施税务检查，也可以自行对该二级分支机构实施税务检查。其查补所得税款的50%分摊给总机构缴纳，50%分摊给该二级分支机构就地办理缴库。
上述税款分摊情况应由被查机构填写汇总纳税企业分支机构所得税分配表经主管税务机关审核后，连同税务检查结论，由接受分摊机构(总机构或分支机构)向所在地主管税务机关报备。
跨地市的汇总纳税企业的管征办法尚未出台，但据悉管征模式将类似于跨省市的汇总纳税管理模式。
