二、新政策变化对企业纳税申报的影响
新旧政策相比，具体分配方法和征管模式的转变会对汇总纳税企业的纳税申报产生影响。
(一)“三因素”计算口径发生变化
企业用于计算税款分配比例的“三因素”计算口径发生变化。新政策采用会计准则的表述和口径，将“三因素”中的“经营收入”改为“营业收入”，“职工工资”调整为“职工薪酬”，对“资产总额”的解释不再排除无形资产。修改之后更方便纳税人按照会计报表数据计算和分配税款。
(二)分支机构“三因素”所属区间调整
在计算分支机构税款分配比例时适用的税款所属期，旧政策采用两个标准，即1-6月份按上上年度，7-12月份按上年度。新政策统一确定为上年度，不再区分上上年度和上年度。
这也意味着企业的分支机构开始按比例分配税款就地预缴申报的时间发生变化。假如一家汇总纳税企业的分支机构是2013年3月份设立的，按旧政策，该企业的分支机构从2014年7月1日才开始按比例分配税款就地预缴申报;但新政策实施后，该企业的分支机构从2014年1月1日起就开始按比例分配税款就地办理预缴申报。(之前进行零申报)
(三)汇总纳税企业的分支机构也要参与汇算清缴申报
新政策明确总分机构参与汇算清缴税款分配，即汇算清缴应补应退税款按照预缴分配比例分配给总分机构，由总分机构分别就地办理税款缴库或退库，改变了汇缴补退税全部由总机构负责的做法。因此在办理2013年及以后年度的年度汇算清缴申报时，不仅汇总纳税企业的总机构应该进行汇算清缴申报，其参与分配的分支机构也要进行年度申报。
(四)撤销分支机构分配税款的计算方法发生改变
新政策明确当年撤销的分支机构自办理注销税务登记之日起不参与分摊，不再从撤销次年起才不参与分摊。
但由于2012版的季度申报表未做修改仍在使用中。经了解，我省目前在处理撤销分支机构分配税款的问题上，做法仍与旧文件保持一致，即当年撤销的二级分支机构，自办理注销税务登记之日起次年不再参与当期企业所得税税款的分配计算，当年剩余期限应分摊的税款由总机构统一缴纳，其总机构在办理当年剩余期限季度预缴申报时，将该撤销分支机构分配的税款填入2012版季度申报表的第30行“总机构已撤销分支机构应分摊所得税额”。今后如有新文件明确不同处理方式的，按新文件执行。
(五)不适用汇总纳税管理办法的企业范围有所调整
纯中央收入和纯省收入的汇总纳税企业，不实行57号公告和闽财预〔2012〕122号文件规定的汇总纳税管理办法，由总机构统一核算汇总缴纳企业所得税，各分支机构不就地预缴企业所得税。其中，原28号文件规定了14家企业，57号公告减少了1家(铁路运输企业)，增加了2家(中国信达资产管理股份有限公司、中国长江电力股份有限公司)，现有15家跨省市的汇总纳税企业的分支机构不实行就地预缴的汇总纳税管理办法;跨地市的汇总纳税企业中，13类企业不适用汇总纳税管理办法的范围新旧政策基本保持不变。
