(二)营业税改征增值税财税核算难度加大
在实行营业税征收时，对企业的会计核算要求比较简单，营业税基本是按照营业的毛收入征税，不涉及进项扣除，使用普通发票即可满足需求。改征增值税后除了销项税和进项税的计算之外，还有增值税专用发票的规范使用。现今有部分小企业的会计核算不够正规，在改征增值税后，对这批小企业的会计核算提出了更高的要求，这也同时要求小企业的会计人员要提高相关业务素质。除此之外，现行的增值税会计处理不能将增值税作为费用核算，会计信息无法充分披露，报表使用人无法确知增值税对本期损益的影响程度。在营业税改征增值税后，这一缺陷将表现得更加突出。
(三) 注重增值税期末留抵税额的会计处理
营业税改征增值税在上海试点之初，按照试点方案有关税收收入归属安排，试点期间应保持现行财政体制基本稳定，原归属试点地区的营业税收入，改征增值税后，收入仍归属试点地区，税款分别入库。这项规定对于经营项目单一，即仅销售货物或应税劳务的原增值税纳税人或仅经营“营改增”应税服务的试点纳税人来说，通过各自的申报，就能够准确区分税收收入的归属。但对于兼营“营改增”应税服务，特别是在试点之前还有上期留抵税额的原增值税一般纳税人来说，就存在原归属试点地区的增值税收入“吃掉”改征后试点地区营业税收入的问题。为准确统计“营改增”对财政收入的影响，财税[2011]111号附件2《交通运输业和部分现代服务业营业税改征增值税试点有关事项的规定》中规定，试点地区的原增值税一般纳税人兼有应税服务的，截至2011年12月31日的增值税期末留抵税额，不得从应税服务的销项税额中抵扣，以解决这一问题。在国务院公布第二批“营改增”试点名单后，财政部、国家税务总局《关于在北京等8省市开展交通运输业和部分现代服务业营业税改征增值税试点的通知》(财税[2012]71号)将原规定的“2011年12月31日”修改为“该地区试点实施之日前”，即所有纳入试点地区原增值税一般纳税人兼有应税服务的，截至该地区试点实施之日前的增值税期末留抵税额，不得从应税服务的销项税额中抵扣。但这并不意味着不得抵扣，而是应按照规定的方法计算抵扣。国家税务总局《关于北京等8省市营业税改征增值税试点增值税纳税申报有关事项的公告》(国家税务总局公告2012年第43号)给出了具体的处理办法，即按照一般货物及劳务销项税额比例，来计算可抵扣税额及应纳税额。由于以上问题属于新老税制交替阶段的特殊业务，财会[2012]13号特别规定了增值税期末留抵税额的会计处理，明确试点地区兼有应税服务的原增值税一般纳税人，截止到开始试点当月月初的增值税留抵税额，按照营业税改征增值税有关规定，不得从应税服务的销项税额中抵扣的，应在“应交税费”科目下增设“增值税留抵税额”明细科目。在开始试点当月月初，企业不得从应税服务的销项税额中抵扣的增值税留抵税额，借记“应交税费———增值税留抵税额”科目，贷记“应交税费———应交增值税(进项税额转出)”科目。待以后期间允许抵扣时，按允许抵扣的金额，借记“应交税费———应交增值税(进项税额)”科目，贷记“应交税费———增值税留抵税额”科目。
(四)“营改增”财政扶持资金被纳入“营业外科目”
根据税法相关规定，企业取得的由国务院财政、税务主管部门规定专项用途并经国务院批准的财政性资金，准予作为不征税收入，在计算应纳税所得额时从收入总额中减除。与此相对应的，非专项用途的财政性资金应视为应税收入，缴纳企业所得税。因此，“营改增”试点中的财政扶持资金被纳入“营业外科目”，应是属于非专项用途的财政性资金，按规定要缴纳企业所得税。
