由于研发活动中存在着共用和混用现象，因此原料、动力及机器设备存在进项税无法分清的情况。有观点认为，企业销售无形资产的收入应和当月销售货物的收入适用增值税暂行条例实施细则第二十六条的规定，一般纳税人兼营免税项目或者非增值税应税劳务而无法划分不得抵扣的进项税额的，按下列公式计算不得抵扣的进项税额：不得抵扣的进项税额＝当月无法划分的全部进项税额×当月免税项目销售额、非增值税应税劳务营业额合计÷当月全部销售额、营业额合计。这种观点混淆了非增值税应税项目与非增值税应税劳务的区别。转让无形资产不属于非增值税应税劳务，增值税暂行条例实施细则第五条明确，非增值税应税劳务，是指属于应缴营业税的交通运输业、建筑业、金融保险业、邮电通信业、文化体育业、娱乐业、服务业税目征收范围的劳务。而非增值税应税项目是指提供非增值税应税劳务、转让无形资产、销售不动产和不动产在建工程，所以，该种进项税转出计算不适用于转让无形资产。
增值税暂行条例实施细则规定已抵扣进项税额的购进货物或者应税劳务，发生条例第十条规定情形的（免税项目、非增值税应税劳务除外），应当将该项购进货物或者应税劳务的进项税额从当期的进项税额中扣减；无法确定该项进项税额的，按当期实际成本计算应扣减的进项税额。所以，销售该项无形资产，属于条例第十条规定的非增值税应税项目情形，应按购进货物或者应税劳务的进项税额从当期的进项税额中扣减；无法确定该项进项税额的，按当期实际成本计算应扣减的进项税额。也就是说，该专利的开发成本为100万元，如果无法确定进项税的，应转出的进项税是100×17%=17（万元）。
应税与非税项目共用的固定资产进项税不用转出
如果该企业能准确计算和归集耗用的原料、动力及固定资产折旧，且固定资产既用于研发自用无形资产也用于研发外售无形资产的话，固定资产的进项税不用转出。
增值税暂行条例第十条规定用于非增值税应税项目、免征增值税项目、集体福利或者个人消费的购进货物或者应税劳务进项税额不得从销项税额中抵扣。增值税暂行条例实施细则第二十一条规定条例第十条所称购进货物，不包括既用于增值税应税项目（不含免征增值税项目）也用于非增值税应税项目、免征增值税（以下简称免税）项目、集体福利或者个人消费的固定资产。非增值税应税项目是指提供非增值税应税劳务、转让无形资产、销售不动产和不动产在建工程，研发共用的固定资产既用于了增值税应税项目（自行研发）也用于了非增值税应税项目（转让无形资产），所以不包括在不得抵扣进项税的范围，不用做进项税转出处理。
