资产损失税前扣除一律采取申报扣除新的资产损失税前扣除管理办法统一采取申报扣除。因此，对于事业单位、社会团体等发生的与取得免税收入有关的固定资产损失，应按规定的程序和要求向主管税务机关申报后方能在税前扣除。
区分是实际资产还是法定资产损失国税总局2011年第25号公告将准予在企业所得税税前扣除的资产损失分为实际资产损失与法定资产损失，旨在厘清以前年度发生的资产损失的税前扣除，可否追补确认及追补期限和相关年度企业所得税的涉税调整。企业实际资产损失，应在其实际发生且会计上已作损失处理的年度申报扣除；法定资产损失，应在企业向主管税务机关提供证据资料证明该项资产已符合法定资产损失确认条件，且会计上已作损失处理的年度申报扣除。对于事业单位、社会团体因自然灾害发生的与取得免税收入有关的固定资产损失，属于实际资产损失，应在实际发生且会计上已作损失处理的年度申报扣除。
事业单位、社会团体如有以前年度发生的实际资产损失未能在当年税前扣除的，可按国税总局2011年第25号公告的规定，向税务机关说明并进行专项申报扣除。其中，属于实际资产损失，准予追补至该项损失发生年度扣除，其追补确认期限一般不得超过五年。属于法定资产损失，应在申报年度扣除。因以前年度实际资产损失未在税前扣除而多缴的企业所得税税款，可在追补确认年度企业所得税应纳税款中予以抵扣，不足抵扣的，向以后年度递延抵扣。如实际资产损失发生年度扣除追补确认的损失后出现亏损的，应先调整资产损失发生年度的亏损额，再按弥补亏损的原则计算以后年度多缴的企业所得税税款，并按上述多缴企业所得税的办法进行税务处理。
明确采取清单申报还是专项申报进行企业所得税年度汇算清缴申报前，企业资产损失除正常损失（损耗）和按市场公允价值处置、转让资产以清单申报的方式申报扣除外，其余均应以专项申报方式向税务机关申报扣除。因此，对于事业单位、社会团体等单位因自然灾害发生的与取得免税收入有关的固定资产损失，应向税务机关专项申报税前扣除，逐项（或逐笔）报送申请报告，同时附送会计核算资料及其他相关的纳税资料。因特殊原因不能在规定时限内报送资料的，可向主管税务机关申请适当延期申报。
资产损失税前扣除额的计算及相关证据的举证对于事业单位、社会团体等申报扣除因自然灾害发生的与取得免税收入有关的固定资产报废、毁损损失，为该项固定资产账面净值扣除残值和责任人赔偿后的余额。同时，应向主管税务机关提供相关证据材料确认：固定资产的计税基础相关资料；企业内部有关责任认定和核销资料；企业内部有关部门出具的鉴定材料；涉及责任赔偿的，应有赔偿情况的说明；损失金额较大的或因自然灾害等不可抗力造成固定资产毁损、报废的，应有专业技术鉴定意见或法定资质中介机构出具的专项报告。
