698号文和24号公告对非居民企业股权转让所得的管理作了进一步规定，包括下述三个方面的内容：
（一）非居民企业直接转让中国境内居民企业股权（模式一、模式二）的纳税义务发生时间、股权转让所得的计算公式、汇率折算和非居民企业的纳税申报义务，（二）非居民企业以重组方式实现股权的直接转让，其取得的股权转让所得若拟取得特殊性税务处理的待遇，应向主管税务机关提交书面备案资料，证明其符合特殊性重组规定的条件，并经省级税务机关核准；（三）非居民企业间接转让中国境内居民企业股权（模式三）的，被转让的境外控股公司所在国（地区）对该股权转让所得的实际税负低于12.5%或者对其居民境外股权转让所得不征所得税的，应自股权转让合同签订之日起30日内，向被问接转让股权的中国居民企业所在地主管税务机关提供资料证明该项交易的合理商业目的。
三、非居民企业股东转让股权的税收协定规定
目前，中国已经签订近100个避免双重征税和防止偷、逃税的双边税收协定或安排，因此非居民企业股东转让股权的税收处理难免涉及有关税收协定的内容。
股权转让所得属于协定中“财产收益”，笔者对之大致总结如下：
（一）转让一个公司财产股份的股票取得的收益，该公司的财产又主要直接或者间接由位于缔约国一方的不动产所组成，可以在该缔约国一方征税。
1.对“主要”的认定。在“中国一墨西哥”：协定解释（国税函[2007]131号）、“中国一新加坡”协定（国税函[2007]790号）的规定是50%（不含）以上。
2.国家税务总局对持股时间的规定是“在股份持有人转让公司股份之前三年内，该公司财产至少百分之五十曾经为不动产”。“中国一新加坡”协定解释（国税发[2010]75号）明确，持股时间是股份被转让之前三年内任一时间。
3.间接持股比例的计算。国税发[2010]75号文规定，新加坡居民在转让其在中国公司中的股份取得转让收益，上述中国公司又参股其他中国公司，并且其参股的其他中国公司的财产价值主要由在中国的不动产组成，则该被参股的中国公司的财产价值中一部分（按参股比例计算）应属于前面提及的中国公司，在计算被转让股份公司的财产价值时，应将后一个被控股公司的不动产价值按参股比例计算的归属部分一并考虑，视该被转让股份的中国居民公司的财产价值的不动产比例是否达到50%.例如新加坡居民公司甲拥有中国居民公司乙20%的股份，公司乙的财产价值为100（单位略），其中不动产价值为40.如果该公司乙又持有中国居民公司丙80%的股份，如公司丙的财产价值为100，其中不动产价值为90，则在处理依本款规定享受协定待遇计算公司乙的财产价值时，应将公司丙财产价值的80%计算在内，即公司乙直接或间接拥有的财产价值为：100+100×80%=180，其中不动产价值为：40+90×80%=112，不动产价值比例为62%.上述例举以剔除公司乙和公司丙之间内部交易影响后的数额为前提。因此，当新加坡居民公司甲转让中国居民公司乙的股份时，由于该中国公司乙的财产价值中50%以上的价值直接或间接来自于中国的不动产，根据协定规定，对此项转让收益中国拥有征税权。
