一是会计处理年度应理解为会计决算年度，纳税申报年度应理解为企业所得税年度汇算清缴年度，不能把向税务机关报送年度纳税申报表及资产损失申报材料的时点，理解为会计处理年度或纳税申报年度。
二是多缴税款的处理方式只能是抵扣追补确认当年的税款，而不能退税。追补后发生亏损的处理方法，应先调整资产损失发生年度的亏损额，再按弥补亏损的原则计算以后年度多缴的企业所得税税款，多缴税款也只能在资产损失追补确认当年进行抵扣。
三是25号公告第六条规定了四种特殊情况，经国家税务总局批准后可适当延长追溯期：因计划经济体制转轨过程中遗留的资产损失、企业重组上市过程中因权属不清出现争议而未能及时扣除的资产损失、因承担国家政策性任务而形成的资产损失以及政策定性不明确而形成的资产损失。
（六）实行清单和专项相结合的申报管理制度
根据25号公告规定的精神，企业资产损失按其申报内容和要求的不同，分为清单申报和专项申报两种申报形式。
25号公告第九条正列举了五种应以清单申报方式向税务机关申报扣除的损失，采取清单申报扣除的范围与88号文规定的自行计算扣除的资产损失范围基本一致，清单申报列举范围以外的资产损失应以专项申报方式向税务机关申报扣除。企业无法准确判别是否属于清单申报扣除的资产损失，可以采取专项申报扣除。
清单申报方式下，列举的损失一般都是企业正常经营管理活动发生的，损失情况简单并且业务量大，因此，企业应按照内部管理控制的要求，做好资产损失的确认工作，将损失情况按照会计核算科目进行归类、汇总，然后将汇总清单报送税务机关，并保留好相关资产会计核算资料和原始凭证及内部证明等证据，以备税务机关日常检查。
专项申报方式下，要求企业应逐项或逐笔报送申请报告，同时附送会计核算资料及其他相关的纳税资料。企业在申报资产损失税前扣除过程中不符合要求的，税务机关应当要求其改正，企业拒绝改正的，税务机关有权不予受理。
（七）对跨地区经营汇总纳税企业实行双向申报管理制度
鉴于跨地区经营汇总纳税企业实行“统一计算、分级管理、就地预缴、汇总清算、财政调库”的征收管理办法，总机构、分支机构分别接受机构所在地主管税务机关管理，总机构统一计算包括企业所属各个不具有法人资格的营业机构、场所在内的全部应纳税额等实际情况，25号公告第十一条要求，分支机构发生的损失除了向当地主管税务机关申报外，同时应上报总机构，再由总机构以清单形式向当地主管税务机关进行申报扣除。这种双向申报的管理模式，便于总分机构所在地的各级税务机关能够全面掌握各地税源情况，防止出现税收征管真空。
