第二阶段从2003年到2009年。执行增值税一般纳税人申请抵扣的防伪税控系统开具的增值税专用发票，必须自该专用发票开具之日起90日内到税务机关认证，否则不予抵扣进项税额的政策。在此阶段，解决了第一阶段存在的问题，对于可抵扣增值税进项税额的条件界定为“发票开具之日起90日内”和“并到税务机关认证”两个条件，充分体现了“以票控税”的管理思路，但由于有些企业从业务部门到财务部门的流程时间较长，常常出现增值税专用发票由于过期认证儿无法抵扣的问题，造成了企业增值税虚增而多缴税金的问题。
第三阶段从2010年开始至今。执行企业开具的增值税专用发票、公路内河货物运输业统一发票和机动车销售统一发票，应在开具之日起180日内到税务机关办理认证，并在认证通过的次月申报期内，向主管税务机关申报抵扣进项税额政策。在此阶段，尽管认证抵扣的时限由90天调整为180天，却依然保持着“以票控税”的管理思路，对于企业发生的真实交易，但由于客观原因造成增值税扣税凭证逾期而不能进行增值税抵扣的问题没有解决。
此次下发的50号公告规定：对增值税一般纳税人发生真实交易但由于客观原因造成增值税扣税凭证逾期的，经主管税务机关审核、逐级上报，由国家税务总局认证、稽核比对后，对比对相符的增值税扣税凭证，允许纳税人继续抵扣其进项税额。对此，我们应该理解为，增值税进项税额抵扣政策从单纯的“以票控税”的管理思路，调整为对于真实交易行为逾期增值税扣税凭证抵扣可以抵扣的政策，并为此制定了《逾期增值税扣税凭证抵扣管理办法》。
50号公告是一个比较宽泛的政策
50号公告明确，对增值税一般纳税人发生真实交易但由于客观原因造成增值税扣税凭证逾期的，经主管税务机关审核、逐级上报，由国家税务总局认证、稽核比对后，对比对相符的增值税扣税凭证，允许纳税人继续抵扣其进项税额。
对于客观原因的界定，公告明确有以下6个方面：（1）因自然灾害、社会突发事件等不可抗力因素造成增值税扣税凭证逾期；（2）增值税扣税凭证被盗、抢，或者因邮寄丢失、误递导致逾期；（3）有关司法、行政机关在办理业务或者检查中，扣押增值税扣税凭证，纳税人不能正常履行申报义务，或者税务机关信息系统、网络故障，未能及时处理纳税人网上认证数据等导致增值税扣税凭证逾期；（4）买卖双方因经济纠纷，未能及时传递增值税扣税凭证，或者纳税人变更纳税地点，注销旧户和重新办理税务登记的时间过长，导致增值税扣税凭证逾期；（5）由于企业办税人员伤亡、突发危重疾病或者擅自离职，未能办理交接手续，导致增值税扣税凭证逾期；（6）国家税务总局规定的其他情形。
