（二）企业扣除类中的疑难问题处理
1、企业发生的合理的工资薪金支出税前扣除需要符合哪些条件？
根据《国家税务总局关于企业工资薪金及职工福利费扣除问题的通知》（国税函〔2009〕3号）规定，《企业所得税法实施条例》第三十四条所称的“合理工资薪金”，是指企业按照股东大会、董事会、薪酬委员会或相关管理机构制订的工资薪金制度规定实际发放给员工的工资薪金。税务机关在对工资薪金进行合理性确认时，可按以下原则掌握：
⑴企业制订了较为规范的员工工资薪金制度；
⑵企业所制订的工资薪金制度符合行业及地区水平；
⑶企业在一定时期所发放的工资薪金是相对固定的，工资薪金的调整是有序进行的；
⑷企业对实际发放的工资薪金，已依法履行了代扣代缴个人所得税义务
⑸有关工资薪金的安排，不以减少或逃避税款为目的。
属于国有性质的企业，其准予税前扣除的工资薪金支出，不得超过政府有关部门给予的限定数额；超过部分，不得计入企业工资薪金总额，也不得在计算企业应纳税所得额时扣除。
《劳动和社会保障部关于建立劳动用工备案制度的通知》（劳社部发[2006]46号）第二条规定“从2007年起，我国境内所有用人单位招用依法形成劳动关系的职工，都应到登记注册地的县级以上劳动保障行政部门办理劳动用工备案手续。”因此，企业只有与其员工签定书面劳动合同并报经劳动部门备案，其合理的工资薪金才能税前扣除。
2、企业2011年1月发放20010年12月计提的职工工资以及年终奖，这部分跨年度发放的工资及奖金是否可在2010年度企业所得税汇算清缴时税前扣除？
企业在汇算清缴期限内发放且属于汇算清缴年度应负担的合理的工资薪金支出，可认定为纳税年度实际发生，在工资薪金支出所属纳税年度可以税前扣除。在汇算清缴期限终了后补发上年或者以前纳税年度合理的工资薪金支出的，应在工资薪金支出实际发放年度税前扣除。
3、企业为职工支付的补充养老保险费、补充医疗保险费，是否可以税前扣除？若企业依照财务会计制度有关规定，在应付福利费科目中列支补充养老保险费和补充养老保险费，如何进行所得税处理？
根据《财政部国家税务总局关于补充养老保险费补充医疗保险费有关企业所得税政策问题的通知》（财税〔2009〕27号）规定，自2008年1月1日起，企业根据国家有关政策规定，为在本企业任职或者受雇的全体员工支付的补充养老保险费、补充医疗保险费，分别在不超过职工工资总额5%标准内的部分，在计算应纳税所得额时准予扣除；超过的部分，不予扣除。
