注册税务师代理增值税一般纳税人的纳税审查，既能够指导增值税一般纳税人依法合理纳税，又能够提高税务代理的执业质量，防范执业风险。因此，在进行一般纳税人纳税审查时，应重点对销售额与销项税额、进项税额的结转与进项税额的转出、应纳税额与出口货物退（免）税等内容进行审查。
应纳增值税税额等于销项税额减去进项税额，销项税额应重点审查销售额与适用税率。
审查销售额应主要审查纳税人的增值税纳税申报表、财务会计报表，有关“产品销售收入”、“其他业务收入”、“应交税金——应交增值税”等相关账户，增值税专用发票、普通发票存根联等原始凭证，据以确认应税销售额的真实性和完整性。看应税销售额是否包括了纳税人销售货物或应税劳务向购买方收取的全部价款和费用；纳税人是否将结算期内的应税销售额全部申报纳税；申报时对应税销售额的计算是否符合现行增值税税法的有关规定，如代收、代垫收入是否全部并入了应税销售额；销售废品、下脚料等取得的收入是否并入了应税销售额；采取以旧换新方式销售货物，是否按新货物的同期销售价格确认应税销售额；采取还本销售方式销售货物，是否扣除了还本支出的销售额；以物易物、用应税货物抵债是否并入应税销售额等。
审查适用税率应重点审查税率运用中有没有扩大低税率货物的适用范围；税率已发生变动的货物，是否按税率变动的规定执行日期计算纳税；兼营不同税率的货物或应税劳务是否已分别核算销售额，没有分别核算的是否从高适用税率计算纳税；出口货物适用的退税率是否正确等。
进项税额应重点审查进项税额抵扣凭证、进项税额结转、进项税额转出、销售返还进项税额转出以及进项税额抵扣时限等内容。
审查进项税额抵扣凭证应审查“固定资产”、“应付福利费”、“长期投资”、“应交税金——应交增值税”等账户。看取得的增值税专用发票抵扣联是否合法有效；运费抵扣的扣除率（７％）、金额、结算单据是否正确、合法有效；免税农业产品应抵扣的原始凭证计算是否符合规定；收购废旧物资是否按照税务机关批准使用的收购凭证，按１０％的抵扣率计算抵扣，金额、收购凭证是否正确、合法有效；对进货退出或折让而收回的增值税税额，是否在取得红字专用发票的当期从进项税额中扣减。
审查进项税额结转，应审查纳税人是否将非增值税劳务项目购进货物和劳务结转了进项税额；是否将购进固定资产结转了进项税额；是否将免征增值税项目的购进货物和应税劳务结转了进项税额；是否将在建工程项目使用的、集体福利或个人消费使用的购进货物和应税劳务结转了进项税额；是否将购进货物发生的非正常损失结转了进项税额。
