1、企业转让全部产权的转让主体是企业的所有人，从性质上来说属于企业的全部股权转让。而企业整体资产转让的转让主体是具有该资产所有权的企业；
2.企业转让全部产权的客体是企业资产、债权、债务、劳动力，四者缺一不可，而企业整体资产转让的客体是企业的资产、负债和所有者权益；
3、企业转让全部产权后，被转让企业可能存在，也可能不存在，由转让企业和接受企业协商确定；而企业整体资产转让后，转让企业继续存在，只是改变了经营类型，如从事制造业营业活动转变为从事投资活动，转让企业不解散，从事的业务转变为投资业务，作为继续存在的独立纳税人的地位没有发生任何变更。
根据《国家税务总局关于转让企业产权不征营业税问题的批复》(国税函[2002]165号)规定，根据《营业税暂行条例》及其实施细则的规定，营业税的征收范围为有偿提供应税劳务、转让无形资产或者销售不动产的行为。转让企业产权是整体转让企业资产、债权、债务及劳动力的行为，其转让价格不仅仅是由资产价值决定的，与企业销售不动产、转让无形资产的行为完全不同。因此，如果是企业股东转让企业产权的行为不属于营业税征收范围，不应征收营业税。但企业整体资产转让时一并转让探矿权、采矿权及其他财产时，应根据上述一、二的规定处理相关营业税事项。
印花税，对产权转让过程中发生的涉及不动产等产权转移所书立的书据，应按规定缴纳印花税。
企业所得税，根据《财政部国家税务总局关于企业重组业务企业所得税处理若干问题的通知》（财税[2009]59号）文件规定，资产收购，是指一家企业（称为受让企业）购买另一家企业（称为转让企业）实质经营性资产的交易。受让企业支付对价的形式包括股权支付、非股权支付或两者的组合。企业产权转让中涉及资产收购的部分，区分为一般性税务处理和特殊性税务处理，对一般性税务处理，被收购方应确认资产转让所得或损失，被收购企业的相关所得税事项原则上保持不变。如何适用特殊性税务处理，转让企业取得受让企业股权的计税基础，以被转让资产的原有计税基础确定。
