纳税人将已经填开的增值税专用发票丢失，应主要依据《国家税务总局关于修订〈增值税专用发票使用规定〉的通知》(国税发[2006]156号)第二十八条和第二十九条的规定处理。
纳税人丢失增值税专用发票各联次，具体处理分为已认证和未认证两种情形。
1、发票开出未认证情形处理：
(1)一般纳税人丢失已开具专用发票的发票联和抵扣联，如果丢失前未认证的，购买方凭销售方提供的相应专用发票记账联复印件到主管税务机关进行认证，认证相符的凭该专用发票记账联复印件及销售方所在地主管税务机关出具的《丢失增值税专用发票已报税证明单》，经购买方主管税务机关审核同意后，可作为增值税进项税额的抵扣凭证。
(2)一般纳税人丢失已开具专用发票的发票联，可将专用发票抵扣联作为记账凭证，专用发票抵扣联复印件留存备查。
(3)专用发票抵扣联无法认证的，可使用专用发票发票联到主管税务机关认证。专用发票发票联复印件留存备查。
(4)纳税人丢失记账联的，如果发票开出后尚未寄出，开票单位可以将发票联复印，作为记账凭证;若已寄出，可使用专用发票发票联复印件，与从金税卡中重新打印一次的记账联，作为记账凭证。到主管税务机关认证作为记账凭证。
(5)纳税人丢失专用发票全部联次处理：纳税人在认证前丢失增值税专用发票全部联次，按丢失空白专用发票处理。
2、发票开出已认证情形处理：
(1)一般纳税人丢失已开具专用发票的发票联和抵扣联，如果丢失前已认证相符的，购买方凭销售方提供的相应专用发票记账联复印件及销售方所在地主管税务机关出具的《丢失增值税专用发票已报税证明单》，经购买方主管税务机关审核同意后，可作为增值税进项税额的抵扣凭证。
(2)一般纳税人丢失已开具专用发票的抵扣联，如果丢失前已认证相符的，可使用专用发票发票联复印件留存备查。
(3)一般纳税人丢失已开具专用发票的发票联，可将专用发票抵扣联作为记账凭证，专用发票抵扣联复印件留存备查。
(4)一般纳税人丢失记账联的处理：如果发票开出后尚未寄出，开票单位可以将发票联复印，作为记账凭证;若已寄出，可使用专用发票发票联复印件，与从金税卡中重新打印一次的记账联，作为记账凭证。到主管税务机关认证作为记账凭证。
