《公告》之所以规定支付方不是在摊销年度按照摊销金额扣缴非居民企业所得税，而是在计入相关资产的年度纳税申报时一次性、全额扣缴，是因为这样处理更加符合权责发生制原则，更加有利于税务机关及时控管税源及防范支付方规避或延迟缴纳企业所得税行为。
3.提前支付所得款项扣缴税款的处理。
在实践中存在支付方在合同或协议约定的支付日期之前实际支付的情形。对此，《公告》规定，对于支付方在合同约定的日期之前支付所得款项的，应在实际支付时履行扣缴义务，防范支付方以提前支付为由规避扣缴非居民企业所得税义务的行为。
二、关于担保费税务处理问题
在非居民企业与中国境内企业之间发生的经济活动，如借贷、买卖、货物运输、加工承揽、租赁、工程承包等交易，经常涉及非居民企业提供担保而由中国境内企业负担、支付担保费或相同性质费用的问题。对此，《公告》明确了三个问题：一是适用本规定的担保费及其相同性质费用的范围；二是非居民企业取得的中国境内企业、机构或个人负担、支付的担保费或相同性质的费用，属于来源于中国境内的所得，在中国负有企业所得税纳税义务；三是上述担保费适用与利息所得相同的企业所得税税率。
三、关于土地使用权转让所得征税问题
首先，明确纳税义务。非居民企业转让中国境内土地使用权取得的收益，属于企业所得税法规定的转让财产所得，在中国负有纳税义务。
其次，明确扣缴义务。取得上述所得的非居民企业，未在中国境内设立机构、场所，或者虽设立机构、场所，但土地使用权转让收益与该机构、场所没有联系的，由土地使用权的受让方即支付人在支付时扣缴企业所得税。
第三，明确应纳税所得额。鉴于土地使用权转让的特殊性，《公告》规定，土地使用权转让所得的计算，应以非居民企业取得的土地使用权转让收入全额减除土地使用权计税基础后的余额作为应纳税所得额。关于土地使用权的计税基础，可理解为非居民企业取得该项土地使用权时实际发生的支出或原受让价款。
四、关于融资租赁和出租不动产的租金所得税务处理问题
1.关于融资租赁所得的税务处理。针对融资租赁的特点，《公告》明确了以下三个问题：一是融资租赁所得的性质，属于利息所得；二是融资租赁所得的应纳税所得额，为租赁费（包括租赁期满后作价转让给中国境内企业的价款）扣除出租设备、物件的价款后的余额；三是扣缴义务，在境内未设立机构、场所的非居民企业取得的融资租赁所得，由中国境内企业在支付时扣缴企业所得税。
