由以上土地增值税的计算方法来看，房地产企业要计算其应交的土地增值税首先要计算出房地产销售的增值额，而计算增值额要先计算出该房地产可扣除的成本费用等扣除项目。对于房地产企业的预售业务，在销售时，房地产的开发还没有竣工，成本还不能核算出来，所以其土地增值税无法计算。对于这种情况，《土地增值税暂行条例实施细则》第十六条规定：纳税人在项目全部竣工结算前转让房地产取得的收入，由于涉及成本确定或其他原因，而无法据以计算土地增值税的，可以预征土地增值税，待该项目全部竣工、办理结算后再进行清算，多退少补。具体办法由各省、自治区、直辖市地方税务局根据当地情况制定。房地产企业的预售业务收到预售款项时，应按照收到款项和各地规定的预征比例计算应预交的土地增值税。根据计算出的预征土地增值税金额借记“待摊费用——预缴土地增值税”科目，贷记“应交税费——应交土地增值税”科目；实际缴纳时，借记“应交税费——应交土地增值税”科目，贷记“银行存款”科目。项目竣工后符合收入确认条件时，按照当期的结算收入、成本自行以土地增值税清算方式计算的当期结算收入应承担的土地增值税费用：借记“营业税金及附加——土地增值税”科目（按照当期结算收入、结算成本以清算口径计算），贷记“待摊费用——预缴土地增值税”科目。项目全部竣工、办理结算后进行土地增值税清算，对前期预征的土地增值税款和计提的土地增值税费用进行调整，在取得税务机关土地增值税清算报告、土地增值税清算金额确定后，借记“营业税金及附加——土地增值税”科目（清算税款总金额－前期累计计提的土地增值税费用）、“待摊费用——预缴土地增值税”科目（差额），贷记“应交税费——应交土地增值税”科目（清算税款总金额－前期累计已缴纳的土地增值税）；实际补交时，借记“应交税费——应交土地增值税”科目，贷记“银行存款”科目（清算税款总金额－前期累计已预缴的土地增值税款）。若为退税，则做相反的账务处理。
由于会计和税法的规定不同，企业实际缴纳土地增值税时在企业所得税前扣除，而会计上确认的费用滞后，故房地产开发企业的土地增值税成本在企业所得税前扣除是可抵扣的暂时性差异，对房地产开发企业最终的企业所得税没有影响，但考虑到资金的时间价值，还是应该注意到会计和税法上的差异。在填报企业所得税年度纳税申报表时也应注意到这一点，在该项目生命周期所分布的几年中将土地增值税费用进行连续跟踪调整。
