综上所述，专项资金审计，由于上述的“不确定”因素存在而难以审实、审透、审清，从而使专项资金审计“失真”而形成“盲点”。
针对专项资金存在的“盲点”问题，作为审计部门并不能听之任之，应当采取相应的措施和方法，妥善处理好，并立足以下几个方面：
1.对前期费用，建议项目最高权力的部门作出相应规定，以制度管好前期费用，防止过多、过滥，确保有效资金使用在项目上。
2.对于各级项目资金经过部门挪用、截留等情况，各级审计部门要密切配合，追回资金，严查处理，确保资金使用安全性。
3.对于违反专项资金使用的部门和责任人，要加大公告力度，对相关的人员坚持谁审批，谁负责，追究谁的原则，加大处罚力度，增强法律的震慑力。
4.加大专项资金延伸审计力度，增加资金使用的透明度，对有外商(私营)企业使用了这些资金的都必须接受审计监督，取消外商使用专项资金免检的“豁免权”。随着各级政府对国计民生的专项资金相关投入加大，专项资金审计应当引起各级政府高度重视，提高专项资金使用的效率，为专项资金审计消除“盲点”提供支持，使专项资金安全有效使用，为建设和谐社会发挥应有的效果。
