专项资金是指各级政府为扶助或支持某一项目拨或贷的资金。
从分类角度来分析就包括：资金性质分为无偿和有偿；区域分类为国内和国外，国内分类为中央、省、市、县。用途分类为：农、林、工业、能源、交通、教育、卫生、环境、民政、国防等等关系国计民生的项目。
资金渠道分类为：财政拨付与银行优惠贷款。由于专项资金来源广、种类多，使用范围大、数额多，加强其使用的监督，审计部门首当其冲。因此，必须本着对政府资金安全使用的原则，只有了解专项资金的性质和特征，才能进行全面而准确的审计和准确有效的监督。
专项资金主要具有以下性质和特征：
1.无偿性：国内(外)政府对某一项目的扶持所拨给的资金不需偿还。
2.有偿性：国内和国外政府对某一项目扶持的专项低息贷款，需要偿还。
3.复杂性：专项资金来源渠道多，使用广，要层层分解，又层层下拨通过各级财政拨付中转到项目单位。
4.目标性：专项资金使用后，必须达到预期目标，凸显其作用。
5.针对性：国家不是普遍拨放，而是针对某一行业或某一地区的专门项目而拨或贷的资金，因此具有很强的区域性、专项性。
由于审计专项资金具有一定的难度，尽管各级审计人员长期以来认真进行艰苦努力工作，为确保国家资金安全做了大量有益的工作，取得了可喜的业绩。但专项资金审计仍然存在一些“盲点”而使专项资金审计工作与国家的目标仍然有一定的差距，其表现为：
1.专项资金使用前期费用开支。
每个专项资金的使用，目前通常存在前期围绕项目而发生的前期费用，按说项目单位应当有所投入，但通常都在项目资金到后支付，有的数额较大，而审计时无法界定，其合理性、合法性，甚至出现违法违规行为难以审清。
2.专项资金使用部门上下联手改变用途。
专项资金来源渠道，从中央到县，要经过省、市、县多个主管部门，因此往往会层层“拔毛”或变相使用，甚至下级作为项目费用返给一部分上级部门作为对项目的支持，基层审计部门对此“望尘莫及”。
3.领导批准，挪作他用。
有些项目资金到达项目目的地，有的地方领导批准改变使用途径，甚至有“内部”文件，作为集体研究决定其改变使用途径，审计人员无法审实。
4.以国家相关政策为由，拨贷私营(外商)企业。
有的项目资金由于其使用涵盖范围广泛，如果监督不到的话，致使一些权力人，以国家有政策规定名义，拨入私营(外商)企业;如正当使用无可非议，如果以“人情”、“暗股”拨或贷入就会滋生腐败，因为外商私营企业不能审计，即使去审计也要办理名目繁多的手续，谁会去惹麻烦，谁会去担干扰外商(私营)投资环境的风险呢?
